民事案件超出审理期限时，确实需要分情况来处理，以确保当事人的合法权益得到保障。以下是对不同情况的详细解答：
一、特殊情况延长
若因案件特殊情况，如案情复杂、涉及面广、调查取证难度大等，需要延长审理期限，法院可以经本院院长批准延长六个月。若还需进一步延长，则需报请上级人民法院批准。在这种情况下，延长审理期限是合法的，当事人应当理解并配合法院的工作。
二、未按规定延长
如果法院未按规定办理延长手续，即超出了法定的审理期限，当事人可以采取以下措施：
向上级法院反映：当事人可以向上级法院反映情况，上级法院会对该案件的审理期限进行审查。一旦确认存在超期问题，可能会责令原审法院说明情况，并要求加快审理进度。
申请检察院监督：当事人还可以向检察院申请监督。检察院作为法律监督机关，有权监督法院的审判活动。若发现超审限问题，检察院会提出检察建议等，督促法院纠正。
三、要求损害赔偿
若因案件超期给当事人造成损害，如合同履行延误导致经济损失、证据难以收集影响实体权利等，当事人可以通过合法途径要求赔偿。具体来说，可以在后续程序中主张相应权利，依法提起诉讼要求赔偿。
实际操作建议
及时了解案件进展：当事人应当密切关注案件的进展，及时了解审理情况，以便在发现超期问题时能够及时采取措施。
保留相关证据：若因超期导致损害，当事人应保留好相关证据，如合同、损失证明等，以便在后续程序中主张权利。
咨询专业律师：在处理超期问题时，当事人可以咨询专业律师，获取更具体的法律建议和指导。
综上所述，当民事案件超出审理期限时，当事人应根据具体情况采取相应的措施来维护自己的合法权益。同时，也要保持理性和耐心，积极配合法院的工作，共同推动案件的顺利解决。