结论：刑事诉讼中第一次被告是国土局，第二次的被告是不动产登记中心，并不一定构成重复起诉。是否构成重复起诉，需结合具体案情、两次起诉的请求及事实理由等综合判断。
重复起诉的认定标准
根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第二百四十七条的规定，重复起诉需同时满足以下三个条件：
- 后诉与前诉的当事人相同：即两次诉讼中的原告和被告需保持一致。
- 后诉与前诉的诉讼标的相同：即两次诉讼所基于的法律关系或事实需相同。
- 后诉与前诉的诉讼请求相同，或者后诉的诉讼请求实质上否定前诉裁判结果：即两次诉讼的请求内容需一致，或后诉请求旨在推翻前诉的裁判结果。
本案分析
当事人是否相同：
- 第一次诉讼的被告是国土局，第二次诉讼的被告是不动产登记中心。虽然两者可能存在一定的关联性（如不动产登记中心可能隶属于国土局或受其指导），但在法律上，它们是两个独立的主体。因此，从当事人角度来看，两次诉讼的被告并不相同。
诉讼标的是否相同：
- 诉讼标的通常指的是当事人之间发生争议并要求法院作出裁判的法律关系或事实。在本案中，第一次诉讼和第二次诉讼可能基于不同的事实或法律关系。例如，第一次诉讼可能涉及国土局的行政行为违法，而第二次诉讼可能涉及不动产登记中心的登记行为违法。因此，诉讼标的可能并不相同。
诉讼请求是否相同或实质上否定前诉裁判结果：
- 即使两次诉讼的被告和诉讼标的不同，但如果诉讼请求相同或后诉请求实质上否定前诉裁判结果，也可能构成重复起诉。然而，在本案中，由于被告和诉讼标的可能不同，因此诉讼请求相同或实质上否定前诉裁判结果的可能性也较小。
特殊情况考虑
- 关联诉讼：如果两次诉讼虽然被告不同，但基于同一事实或法律关系，且诉讼请求之间存在密切的关联性（如一个诉讼的请求是另一个诉讼请求的前提或基础），那么法院可能会考虑将两次诉讼合并审理或要求当事人选择其中一个诉讼进行主张。但这并不构成重复起诉。
- 诉讼策略：在某些情况下，当事人可能出于诉讼策略的考虑，选择分别起诉不同的被告。只要这种选择符合法律规定和诉讼程序的要求，就不应被视为重复起诉。
建议
- 详细审查案情：要准确判断两次诉讼是否构成重复起诉，需要详细审查两次诉讼的案情、请求及事实理由等。
- 咨询专业律师：如果你对本案是否构成重复起诉存在疑问，建议直接向我咨询。我可以根据你的具体情况，提供更详细、更专业的法律意见。
总之，刑事诉讼中第一次被告是国土局，第二次的被告是不动产登记中心，并不一定构成重复起诉。是否构成重复起诉需结合具体案情、两次起诉的请求及事实理由等综合判断。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。