核心结论：务工协议不能代替劳动合同，用人单位需及时整改，通过补签或重签劳动合同、完善协议内容、加强法律培训等方式确保合规。以下是具体整改建议：

1. 明确区分务工协议与劳动合同的法律性质
   务工协议通常适用于非全日制、临时性或季节性用工，而劳动合同是全日制用工的法定形式，必须包含工作内容、地点、时间、报酬、社保等必备条款（《劳动合同法》第17条）。若用工关系符合全日制特征（如每日工作超4小时、按月支付报酬等），仅签订务工协议可能被认定为未签劳动合同，用人单位需承担双倍工资差额等风险（《劳动合同法》第82条）。

2. 整改步骤与方案

   • 补签或重签劳动合同：
     若用工关系实际为全日制，应立即与劳动者补签书面劳动合同，合同期限可追溯至实际用工之日，并注明“补签”以避免双倍工资争议。若原务工协议内容合法，可将其作为劳动合同附件，但需确保主合同符合《劳动合同法》要求。
     
   • 完善务工协议内容（如确为非全日制用工）：
     若用工关系为非全日制（平均每日不超4小时、每周不超24小时），需在务工协议中明确：
     
     • 工作时间、报酬结算周期（不超过15日）；
       
     • 禁止约定试用期；
       
     • 劳动者可同时与多个用人单位订立协议等非全日制特性条款（《劳动合同法》第68-72条）。
       
   • 终止违法用工关系（如存在事实劳动关系但拒不整改）：
     若用人单位坚持以务工协议规避劳动合同义务，劳动者可向劳动监察部门投诉或申请仲裁，要求确认劳动关系、补缴社保、支付未签合同双倍工资等。用人单位可能面临行政处罚及民事赔偿。

3. 风险防范与合规建议

   • 定期自查用工形式：
     根据实际工作时间、报酬支付方式等区分全日制/非全日制用工，避免混淆导致协议无效。
     
   • 加强法律培训：
     对HR及管理人员进行劳动法培训，确保协议签订、用工管理符合法律规定。
     
   • 建立协议审查机制：
     所有用工协议签订前需经法务或律师审核，避免遗漏必备条款或违法条款。

示例整改方案：
某公司此前与保洁员签订《务工协议》，约定月薪制但未缴社保。经评估，保洁员每日工作6小时、每周工作30小时，属于全日制用工。整改措施包括：

1. 废止原务工协议，与保洁员签订书面劳动合同，明确岗位、薪资、社保等条款；
   
2. 补缴自用工之日起的社保费用；
   
3. 对其他类似岗位进行排查，确保合规。

如有具体协议内容或用工场景需进一步分析，可直接向我咨询。