关于农村私自加盖二楼是否违法以及如何处理的问题，这确实是一个需要根据具体情况来判断的法律问题。以下是我为您提供的详细解答：
一、农村私自加盖二楼是否违法
农村私自加盖二楼是否违法，主要取决于以下几个因素：
是否取得合法审批手续：
- 在农村建房，包括加盖楼层，都必须向当地村委会提出建房申请，并经过乡镇人民政府及相关部门的审批。若涉及农用地转用，还需自然资源等相关部门的审批。
- 如果未经审批擅自加盖二楼，或者审批中未明确允许加盖而私自进行，那么这种行为就是违法的。
是否符合村庄规划和土地利用总体规划：
- 农村建房必须符合所在村庄的规划及土地利用总体规划。如果规划中不允许建设二层及以上住宅，或者建房用地不符合规划要求（如在基本农田保护区内、生态保护红线范围内等），那么加盖二楼也是违法的。
是否满足建筑安全和质量标准：
- 即使取得了审批手续并符合规划要求，加盖的二楼也必须满足建筑安全和质量标准。如果房屋结构不安全，对居住者及周边群众构成威胁，那么这种行为同样可能被视为违法。
二、如果违法加盖二楼，应该如何处理
停止建设并接受处罚：
- 如果未经审批擅自加盖二楼，相关部门有权责令停止建设，并依法进行处罚。处罚可能包括罚款、拆除违法建筑等。
补办审批手续（如果可能）：
- 如果加盖二楼的行为尚未造成严重后果，且符合相关规划和安全标准，农户可以尝试补办审批手续。但这需要得到相关部门的同意，并按照规定的程序进行。
拆除违法建筑：
- 如果加盖的二楼严重违反了规划、安全或土地使用规定，且无法补办审批手续，那么相关部门可能会要求拆除违法建筑。在这种情况下，农户应积极配合拆除工作，以避免更严重的法律后果。
三、建议与指导
提前了解并遵守法律法规：
- 在建房或加盖楼层前，农户应详细了解并遵守当地的法律法规和规划要求。这可以通过咨询当地村委会、相关部门或专业律师来实现。
办理必要手续：
- 按照规定的程序和要求办理审批手续，取得必要的证件和许可。这是确保建房行为合法合规的关键步骤。
确保建筑安全和质量：
- 在加盖楼层时，应确保房屋结构安全、建筑材料质量合格，并按照规范进行施工。这不仅可以避免违法风险，还可以保障居住者的安全。
综上所述，农村私自加盖二楼是否违法取决于多个因素。为了避免不必要的法律纠纷和经济损失，农户在建房或加盖楼层前应充分了解相关法律法规和规划要求，并严格按照规定办理手续。如果遇到问题或不确定的情况，应及时咨询相关部门或专业律师以获取准确的法律意见和指导。