结论：面对邻居违法建筑的情况，您不能自行加盖二层，而应通过合法途径解决，具体分析如下：

1. 违法建筑的认定与处理原则
   根据《城乡规划法》第六十四条，违法建筑是指未取得建设工程规划许可证或未按照许可内容建设的建筑物。邻居的违法建筑应由城乡规划部门或城管部门依法查处（如责令限期拆除、罚款等），您无权自行采取加盖等对抗性措施，否则可能因涉嫌“以违法对抗违法”承担法律责任。

2. 您加盖二层的法律风险

   • 行政处罚风险：若您的房屋本身已存在合法产权，加盖二层需取得《建设工程规划许可证》。未经许可加盖属于违法建设，可能面临限期拆除、罚款（建设工程造价5%-10%）等处罚。
     
   • 民事纠纷风险：若加盖行为影响邻居采光、通风等相邻权，邻居可依据《民法典》第二百八十八条要求您停止侵害、赔偿损失，甚至通过诉讼申请强制拆除。
     
   • 刑事风险：若加盖部分存在重大安全隐患（如占用消防通道、破坏承重结构），可能涉嫌“以危险方法危害公共安全罪”（极端情况下）。

3. 合法解决路径建议

   • 第一步：固定证据
     拍摄邻居违法建筑的照片、视频，记录其位置、面积、建设时间等信息，并保留向物业、居委会反映情况的书面记录。
     
   • 第二步：向行政部门投诉
     向当地城管部门（或街道办）提交《违法建筑查处申请书》，附上证据材料，要求依法处理。根据《行政强制法》，行政部门应在60日内作出处理决定。
     
   • 第三步：通过诉讼维护权益
     若行政部门不作为，可依据《行政诉讼法》提起行政诉讼，要求其履行查处职责；若邻居行为已实际损害您的相邻权（如遮挡采光），可单独提起民事诉讼要求排除妨碍、赔偿损失。
     

4. 特殊情形提示

   • 若您的房屋本身属于违法建筑（如无产权证的小产权房），加盖行为可能面临更严厉的处罚，建议优先通过“补办规划手续”或“协商拆除补偿”等方式化解风险。
     
   • 若邻居违法建筑涉及历史遗留问题（如建成于2008年《城乡规划法》实施前），需结合地方政策处理，部分地区可能采取“罚款后补证”的妥协方案。
     

行动建议：立即停止加盖计划，优先通过行政投诉解决邻居违法建筑问题，同时委托专业机构对房屋现状进行安全鉴定，避免因自行扩建引发更大法律风险。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程。