结论：个人签订合同但委托公司付款的情况下，发票能否开给公司需分情况讨论，主要取决于合同实际履行方、资金流向及税务合规性。以下为具体分析：

1. 合同主体与实际履行方一致时
   若合同由个人与公司签订（如个人作为供应商向公司提供服务/货物），且个人委托第三方公司代为支付款项，此时发票开具需满足：

   • 税务合规性：根据《发票管理办法》第十九条，发票应开具给实际购买方（即合同相对方公司）。个人需确保公司同意接受发票，并留存委托付款的书面协议（如三方协议或公司出具的付款委托书）。
     
   • 资金流与发票流一致：虽然款项由公司支付，但合同主体为个人与公司，税务机关可能要求证明资金流向与合同关系匹配（如公司支付记录、个人与公司之间的结算凭证）。
     

2. 合同主体与实际履行方不一致时（存在“三角债”风险）
   若合同是个人与A公司签订，但实际由B公司付款且要求发票开给B公司，此时需警惕税务风险：

   • 虚开发票风险：根据《刑法》第二百零五条，若个人与B公司无实际交易，仅因B公司要求而开具发票，可能构成“为他人虚开”发票，面临刑事处罚。
     
   • 合规操作建议：若存在真实交易（如个人将债权转让给B公司），需签订书面债权转让协议，并确保B公司实际接收货物/服务，同时留存资金流向证明（如B公司付款记录、个人与A公司的结算单据）。
     

3. 税务机关的实质审查重点
   无论哪种情况，税务机关可能从以下角度核查：

   • 交易真实性：要求提供合同、物流单据、服务成果等证明交易实际发生；
     
   • 资金流向：核对付款方与发票开具方是否一致，或是否存在合理理由（如委托付款）；
     
   • 业务合理性：评估个人与公司之间的交易是否符合商业逻辑（如个人是否具备提供服务/货物的能力）。
     

操作建议：

• 签订书面委托付款协议，明确个人、公司及付款方的权利义务；
  
• 保留合同、付款记录、交付凭证等完整证据链；
  
• 若涉及复杂交易结构（如债权转让），建议提前咨询税务机关或专业律师，确保合规性。
  

如有进一步疑问或需设计具体方案，可直接向我提问，我会结合您的交易细节提供针对性建议。