关于员工同意按最低基数缴纳社保是否合法的问题，这主要取决于员工的实际工资水平与当地社保最低缴费基数的对比情况。
一、社保缴费基数的法定原则
根据《中华人民共和国社会保险法》及相关法律法规，社保缴费基数应当根据职工的实际工资来确定。用人单位有义务按照国家规定的本单位职工工资总额的比例，以及职工个人工资的比例，来缴纳各项社会保险费用。这意味着，如果职工的实际工资高于当地社保最低缴费基数，而单位却选择按最低缴费基数来缴纳，这种做法是不合法的，因为它损害了职工的合法权益。
二、按最低基数缴纳社保的影响
养老金待遇：养老金的计算与缴费基数和缴费年限紧密相关。如果单位长期按最低基数缴纳社保，那么职工退休后的养老金待遇将会受到显著影响，计算基数变小，导致养老金减少。
医疗报销：在医疗保险方面，较低的缴费基数也可能限制职工的报销额度，增加其医疗负担。因为医保个人账户的划入金额以及住院报销的比例和额度，都与缴费基数有关。
三、特殊情况下的最低缴费基数
当然，也存在一些特殊情况。如果职工的实际工资确实低于当地社保最低缴费基数，那么按照法律规定，单位可以按照最低缴费基数为职工缴纳社保。这是法律对低收入群体的一种保护措施。
四、用人单位的法律责任
用人单位有义务按时足额缴纳社会保险费，这是法律规定的明确要求。如果用人单位未按时足额缴纳，社会保险费征收机构有权责令其限期缴纳或补足，并可能采取一系列强制措施，如查询存款账户、申请划拨社会保险费等。此外，用人单位还可能面临罚款等法律责任。
五、员工的维权途径
如果员工发现单位存在违规按最低基数缴纳社保的情况，他们有权向当地社保经办机构投诉反映，要求单位补缴差额部分的社保费用。同时，员工还可以通过法律渠道向公司提出申诉和诉讼请求，要求公司依法缴纳社保，并可能因此让公司承担更为严厉的法律责任。
总结与建议：
员工同意按最低基数缴纳社保是否合法，关键在于员工的实际工资是否低于当地社保最低缴费基数。如果实际工资高于最低缴费基数而单位仍按最低基数缴纳，则此做法不合法且损害员工权益。因此，建议员工在了解自己的社保权益后，如果发现单位存在违规行为，应及时与单位沟通协商或向相关部门投诉举报以维护自身合法权益。同时，用人单位也应严格遵守法律法规，按照职工的实际工资足额缴纳社保费用。