核心结论：涉企检查未进行部门负责人审批，这确实是一个需要重视的问题，因为它可能涉及到检查的合法性和有效性。针对这一情况，我将从法律后果、补救措施以及预防策略三个角度进行详细分析。
法律后果：
- 检查效力存疑：若涉企检查未按照法定程序，包括部门负责人审批等关键环节进行，那么该检查的效力可能会受到质疑。在极端情况下，如果检查程序存在严重瑕疵，相关检查结果可能被视为无效，无法作为后续行政处罚或其他法律行动的依据。
- 法律责任风险：对于执行检查的人员或部门，如果因未审批而导致检查程序违法，可能会面临内部纪律处分，甚至在特定情况下，如因检查不当给企业造成损失，还可能承担相应的法律责任。
补救措施：
- 立即补办审批：一旦发现检查未进行部门负责人审批，应立即采取措施补办审批手续。这虽然不能完全消除之前程序上的瑕疵，但可以表明部门对程序合规性的重视，并在一定程度上减轻可能的法律后果。
- 重新评估检查结果：如果检查已经完成且发现了问题，部门应重新评估这些结果，考虑程序瑕疵对结果的影响。在必要时，可以重新进行检查，以确保结果的合法性和有效性。
- 与企业沟通：主动与企业沟通，解释检查程序上的瑕疵，并说明已采取的补救措施。这有助于维护良好的政企关系，减少因程序问题引发的误解和纠纷。
预防策略：
- 完善检查程序：部门应制定和完善涉企检查的程序规定，明确包括审批在内的各个环节的要求和流程。这有助于确保每次检查都符合法定程序，减少程序瑕疵的风险。
- 加强培训和教育：对执行检查的人员进行定期培训和教育，提高他们的法律意识和程序意识。确保他们了解并遵守相关法律法规和程序规定，减少因疏忽或无知导致的程序瑕疵。
- 建立监督机制：建立内部监督机制，对涉企检查进行定期或不定期的抽查和审核。这有助于及时发现并纠正程序上的瑕疵，确保检查的合法性和有效性。
进一步思考：在实际操作中，涉企检查的程序合规性不仅关系到检查的合法性和有效性，还直接影响到政企关系的和谐与稳定。因此，部门应高度重视检查程序的合规性，采取有效措施预防和纠正程序瑕疵。如果遇到具体问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见。