确认了不动产登记程序违法后，再申请行政复议，行政复议机关是会受理的。以下从多个角度为你详细分析：

法律依据角度

根据《中华人民共和国行政复议法》的相关规定，公民、法人或者其他组织认为行政机关的具体行政行为侵犯其合法权益的，有权向行政复议机关提出行政复议申请。不动产登记程序违法，属于行政机关的具体行政行为违法，侵犯了相关权利人的合法权益，因此，权利人有权就此申请行政复议，行政复议机关应当依法受理。

行政复议受理条件角度

行政复议机关受理行政复议申请，通常需要满足以下几个条件：

1. 有明确的申请人和被申请人：在不动产登记程序违法的案件中，申请人通常是认为不动产登记行为侵犯其合法权益的公民、法人或其他组织，被申请人则是作出不动产登记行为的行政机关。
2. 有具体的行政复议请求和理由：申请人需要明确提出其行政复议的请求，比如撤销违法的不动产登记行为、确认不动产登记行为违法等，并说明提出这些请求的理由，即不动产登记程序如何违法。
3. 属于行政复议范围：不动产登记程序违法属于行政机关的具体行政行为违法，显然属于行政复议的受案范围。
4. 在法定期限内提出：申请人需要在知道不动产登记行为违法之日起的一定期限内（通常是60日，具体根据相关法律法规确定）提出行政复议申请。

只要满足上述条件，行政复议机关就应当受理申请人的行政复议申请。

实际操作角度

在实际操作中，如果申请人已经确认了不动产登记程序违法，比如通过行政诉讼、行政监督等途径获得了相关证据或认定，那么这些证据或认定将有助于申请人提出行政复议申请，并增加行政复议机关受理申请的可能性。因为行政复议机关在审查行政复议申请时，会注重审查申请人提供的证据和理由是否充分、合理。

后续建议

1. 及时收集证据：如果你已经确认了不动产登记程序违法，建议及时收集相关证据，比如不动产登记簿、相关行政机关的回复或认定等，以支持你的行政复议申请。
2. 明确复议请求和理由：在提出行政复议申请时，要明确你的复议请求和理由，让行政复议机关能够清晰地了解你的诉求和依据。
3. 关注法定期限：要注意在法定期限内提出行政复议申请，以免错过申请时机。

如果你在不动产登记程序违法或行政复议方面还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。