经过公证的协议，在特定情况下仍然可以确认无效。虽然公证能够增强协议的法律效力和证明力，但它并不等同于协议绝对有效或不可撤销。以下是对这一问题的详细分析：

公证的性质与局限性

公证是公证机构根据申请，对民事法律行为、有法律意义的事实和文书的真实性、合法性进行证明的活动。然而，公证机构在进行公证时，主要进行形式审查和有限的实质审查，可能无法完全发现协议存在的所有无效情形。因此，即使协议经过了公证，也不能保证其绝对有效。

协议无效的法定情形

根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，协议无效的情形主要包括以下几种：

1. 无民事行为能力人签订的协议：如不满八周岁的未成年人或不能辨认自己行为的成年人所签订的协议，即使经过公证也无效。
2. 虚假意思表示或欺诈、胁迫手段订立的协议：包括行为人与相对人以虚假的意思表示实施的民事法律行为，以及一方以欺诈、胁迫手段订立且损害国家利益的协议，均属无效。
3. 违反法律、行政法规的强制性规定的协议：若协议内容违反法律、行政法规的强制性规定（且该规定导致协议无效），则协议无效。例如，未取得相关许可证而签订的特定行业协议。
4. 违背公序良俗或损害社会公共利益的协议：协议内容若违背公序良俗或损害社会公共利益，如人体器官买卖协议，即使经过公证也应被认定无效。
5. 恶意串通，损害他人合法权益的协议：行为人与相对人恶意串通，损害国家、集体或第三人合法权益的协议，同样属于无效协议。

确认协议无效的途径

当事人若认为经过公证的协议存在上述无效情形，可向人民法院或仲裁机构提出确认协议无效的申请。这些机构将依据相关法律和事实进行审理和裁决。一旦协议被确认无效，它将自始没有法律约束力，双方应恢复原状或采取其他补救措施。

合法履行的重要性与建议

值得注意的是，如果协议内容本身合法，只是在履行过程中出现了问题，那么公证过的协议仍然具有法律效力。双方应严格按照协议履行义务，不能轻易主张协议无效。在签订协议时，为确保协议的合法性和有效性，建议当事人：

• 仔细审查协议条款，确保协议内容真实、合法、有效；
• 避免出现可能导致协议无效的情形，如欺诈、胁迫、恶意串通等；
• 在必要时寻求专业法律意见，以确保协议的合法性和有效性；
• 如对协议效力存在争议，及时通过法律途径解决，避免损失扩大。

综上所述，虽然公证能为协议提供一定的证明力和可信度，但并不能保证协议必然有效。在签订协议时，当事人应谨慎审查协议内容，确保协议的合法性、真实性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。