起诉反诉合并审理时，通常适用普通程序进行审理。以下是对此问题的详细分析：

一、法律依据与原则

根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，反诉与本诉的诉讼请求必须在事实或法律上有牵连。当本诉与反诉合并审理时，为了保障当事人的诉讼权利，确保案件的公正审理，通常适用普通程序。普通程序相较于简易程序，具有更严格的程序要求和更长的审理周期，它适用于事实清楚、权利义务关系明确、争议不大的简单民事案件以外的其他民事案件。

二、具体适用情况

1. 本诉为普通程序：

   • 如果本诉适用的是普通程序，那么合并审理后的案件自然也应适用普通程序。

2. 本诉为简易程序但不符合简易条件：

   • 即使本诉最初适用的是简易程序，但如果在审理过程中发现案件不符合简易程序的适用条件（如当事人双方对争议的事实陈述不一致、案件事实不易查明等），或者反诉的提出使得案件变得更为复杂，此时也应将案件转为普通程序进行审理。

3. 尊重当事人选择（特殊情况）：

   • 在某些情况下，如果双方当事人一致同意继续适用简易程序，并且法院认为适用简易程序不会损害国家利益、社会公共利益以及他人合法权益，也可以考虑继续适用简易程序。但这在实践中较为少见，且需严格遵循法律规定和程序要求。

三、合并审理的程序特点与注意事项

1. 程序特点：

   • 合并审理时，法院会统一适用一种诉讼程序，即普通程序，以确保审理的一致性和公正性。
   • 普通程序具有更严格的程序要求，包括更长的审理周期、更全面的举证质证环节等。

2. 注意事项：

   • 在合并审理过程中，法院应确保当事人的诉讼权利得到充分保障，包括举证、质证、辩论等环节。
   • 法院应根据案件的实际情况和复杂程度，合理确定审理期限和庭审方式。
   • 当事人应积极配合法院的审理工作，按时提交证据、参加庭审等。

四、实例说明

假设在一起买卖合同纠纷案件中，原告起诉被告要求支付货款（本诉），被告则提出反诉，认为原告提供的货物存在质量问题给自己造成了损失。在此情况下，由于反诉与本诉在事实上有牵连关系，且可能涉及复杂的货物质量鉴定等问题，因此法院通常会决定将本诉与反诉合并审理，并适用普通程序进行审理。

建议：在面临起诉反诉合并审理的情况时，当事人应充分了解普通程序的特点和要求，积极配合法院的审理工作，并准备好充分的证据来支持自己的诉讼请求或反诉请求。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。