反诉与本诉合并审理后，本诉程序结束并不意味着反诉程序不结束。下面我将对此进行详细解释：
一、反诉与本诉的合并审理
依据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，当案件的被告向法院起诉原告时，法院可以对本诉案和反诉案进行合并审理。合并审理的前提是，反诉与本诉的诉讼标的有牵连关系，且受诉法院对合并的案件均具有管辖权，并适用于同一个诉讼程序。
二、本诉程序结束与反诉程序的关系
合并审理的整体性：在合并审理中，本诉和反诉被视为一个整体进行审理。法院会对本诉和反诉的诉讼请求、事实和理由进行全面审查，并作出统一的判决或裁定。
程序的一致性：由于本诉和反诉是合并审理的，因此它们的诉讼程序是一致的。这意味着，当本诉程序结束时，反诉程序也应当随之结束，因为两者已经作为一个整体进行了审理和判决。
判决的效力：法院对本诉和反诉作出的判决或裁定，对双方当事人均具有法律约束力。无论本诉还是反诉，只要判决生效，当事人都必须履行判决所确定的义务。
三、特殊情况下的处理
虽然本诉程序结束通常意味着反诉程序也结束，但在某些特殊情况下，如反诉的诉讼请求与本诉的诉讼请求相互独立，或者反诉的审理需要依赖于本诉的审理结果等，法院可能会根据具体情况对反诉进行单独审理或作出相应处理。
综上所述，反诉与本诉合并审理后，本诉程序结束并不意味着反诉程序不结束。在合并审理中，本诉和反诉被视为一个整体进行审理和判决，因此当本诉程序结束时，反诉程序也应当随之结束。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。