轮班制员工年休假遇周六日是否计入休假天数，需分情况讨论，核心结论如下：

1. 若周六日属于员工正常轮班的工作日
   根据《企业职工带薪年休假实施办法》第六条，年休假天数按照工作日计算，不包含休息日（周六日）。若员工本应轮班工作，但因年休假未出勤，则周六日不计入年休假天数，企业需另行安排补休或按工作日折算假期。
   例如：员工本应周六轮班，但申请了年休假，则周六不视为年休假，企业需在后续安排补休或增加1天年休假。

2. 若周六日属于员工正常轮班的休息日
   若员工轮班制中周六日本为休息日（如“上二休一”中的休息日），则年休假期间遇周六日不扣除年休假天数，年休假按自然日连续计算。
   例如：员工申请5天年休假（周一至周五），期间包含周六日，但周六日本为休息日，则年休假仍为5天，周六日不额外计入或扣除。

3. 企业规章制度有特殊约定的情形
   若企业通过民主程序制定了合法有效的轮班制年休假规则（如明确“年休假遇休息日顺延”），且不违反《劳动法》强制性规定，则可按制度执行。但需注意：

   • 制度需经职工代表大会或全体职工讨论通过；
     
   • 不得以“休息日计入年休假”为由变相减少员工假期权益。

实务建议：

• 员工申请年休假前，可先核对企业轮班表及休假制度，明确周六日是否属于工作日；
  
• 若企业违规扣除年休假天数，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求补足假期或支付未休假工资（日工资的300%）；
  
• 企业制定轮班制年休假规则时，建议咨询专业律师，确保制度合法合规。
  

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