核心结论：发票已开且报销，但缺少合同的情况下，需根据具体场景采取不同措施，包括补签合同、收集其他证据、与对方协商或寻求法律救济。以下是具体分析和建议：

1. 补签合同或补充协议

• 适用场景：若交易真实发生且双方仍有合作意愿，可与对方协商补签书面合同或补充协议，明确交易内容、金额、权利义务等条款。
• 操作建议：
  • 补签合同时需注明“合同系对已履行交易的确认”，并附上发票、报销记录等作为佐证。
  • 若对方拒绝补签，可通过邮件、微信等书面形式确认交易细节（如“关于XX项目的合作确认”），并保留沟通记录。

2. 收集其他证据证明交易真实性

• 关键证据：
  • 发票及报销记录：已开具的发票和内部报销流程记录可证明交易金额和公司认可。
  • 履约证据：如送货单、验收单、服务成果文件、银行转账记录等，证明交易实际发生。
  • 沟通记录：与对方就交易内容、价格、履行方式等的邮件、短信、聊天记录。
• 作用：在合同缺失时，其他证据可形成完整证据链，证明交易合法有效。

3. 与对方协商或发送书面函件

• 协商目的：通过沟通明确双方对交易的认可，避免后续纠纷。
• 书面函件：若协商无果，可向对方发送《履约确认函》或《催告函》，要求对方确认交易内容或补签合同，并留存送达证据（如EMS邮寄回执）。

4. 法律救济途径

• 诉讼/仲裁：若对方否认交易或拒绝付款，可依据收集的证据向法院起诉或申请仲裁，主张合同权利。
• 风险提示：
  • 合同缺失可能增加举证难度，但根据《民法典》第469条，书面合同并非唯一形式，其他证据可佐证交易。
  • 若交易涉及金额较大，建议委托律师协助梳理证据并制定诉讼策略。

5. 内部合规与风险防范

• 完善流程：建议公司建立合同与发票匹配的审核机制，避免类似问题再次发生。
• 财务处理：若合同确实无法补救，需确保财务记录与证据一致，并咨询税务机关是否需调整账务。

总结：合同缺失不必然导致权利丧失，但需积极收集证据并采取补救措施。若涉及复杂交易或金额较大，可进一步向我说明具体情况，我会协助分析证据并制定解决方案。