仲裁机构在受理仲裁申请时，确实必须审查仲裁协议。以下是对这一问题的详细分析：
一、仲裁协议的重要性
仲裁协议是仲裁程序的基石，它明确了双方当事人同意将争议提交仲裁解决的意愿，并指定了具体的仲裁机构。没有有效的仲裁协议，仲裁程序就无法启动。因此，仲裁机构在受理仲裁申请时，必须首先审查仲裁协议的有效性。
二、仲裁机构审查仲裁协议的法律依据
根据《中华人民共和国仲裁法》及相关司法解释，仲裁机构在受理仲裁申请时，有权也有义务对仲裁协议进行审查。这主要包括以下几个方面：
仲裁协议的存在性：仲裁机构需要确认双方当事人是否签订了仲裁协议，以及该协议是否真实、有效。
仲裁协议的完整性：仲裁协议应当包含请求仲裁的意思表示、仲裁事项以及选定的仲裁委员会等要素。仲裁机构会审查这些要素是否齐全，以及是否符合法律要求。
仲裁协议的效力性：仲裁机构还会审查仲裁协议是否存在无效情形，如一方采取胁迫手段迫使对方订立仲裁协议、仲裁协议对仲裁事项或仲裁委员会没有约定或约定不明确且双方达不成补充协议等。
三、仲裁机构审查仲裁协议的实践操作
在实际操作中，仲裁机构通常会按照以下步骤审查仲裁协议：
接收仲裁申请：当事人向仲裁机构提交仲裁申请时，应同时提交仲裁协议或包含仲裁条款的合同。
初步审查：仲裁机构在接收仲裁申请后，会首先对仲裁协议进行初步审查，确认其是否存在、是否完整以及是否可能无效。
通知当事人：如果仲裁机构认为仲裁协议存在疑问或可能无效，会及时通知当事人，并要求其提供补充证据或进行说明。
作出决定：在综合审查仲裁协议及相关证据后，仲裁机构会作出是否受理仲裁申请的决定。如果仲裁协议有效且符合受理条件，仲裁机构将正式受理案件；如果仲裁协议无效或不符合受理条件，仲裁机构将驳回仲裁申请。
四、特殊情况下的处理
当事人对仲裁协议效力有异议：如果一方当事人对仲裁协议的效力有异议，并请求仲裁机构作出决定，而另一方请求人民法院作出裁定，根据法律规定，由人民法院裁定。但在此之前，仲裁机构仍有权对仲裁协议进行初步审查，并可以就是否继续仲裁程序作出临时决定。
仲裁机构已作出决定后人民法院受理的情况：如果仲裁机构先于人民法院接受申请并已作出决定，人民法院则不予受理当事人关于仲裁协议效力的确认请求。但在此情况下，如果人民法院后来发现仲裁协议确实无效，仍有权撤销仲裁机构的决定。
五、建议与注意事项
明确约定仲裁机构：在签订仲裁协议时，双方应明确约定具体的仲裁机构，以避免后续因仲裁机构不明确而产生的争议。
及时提出异议：如果一方当事人对仲裁协议的效力有异议，应及时向仲裁机构或人民法院提出，以确保争议能够得到及时、有效的解决。
遵守仲裁程序：在仲裁过程中，双方应遵守仲裁机构的仲裁规则和程序要求，积极配合仲裁机构的工作，以确保仲裁程序的顺利进行。
综上所述，仲裁机构在受理仲裁申请时必须审查仲裁协议，这是其法定职责也是确保仲裁程序顺利进行的重要保障。如果您在仲裁协议或仲裁程序方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。