针对您提出的“员工被辞退补偿金没上税收系统怎么办”的问题，这确实是一个涉及税务处理的重要事项。以下是我为您详细梳理的解答：

一、辞退补偿金的税务处理原则

辞退员工的补偿金在税务处理上，既涉及个人所得税的缴纳，也影响企业所得税的税前扣除。因此，正确处理需严格遵循相关税收法律法规，确保操作的合规性与准确性。

二、个人所得税处理

1. 政策依据与免税额度：

   • 根据《财政部 税务总局关于个人所得税法修改后有关优惠政策衔接问题的通知》（财税〔2018〕164号），个人因与用人单位解除劳动关系取得的一次性补偿收入（含经济补偿金、生活补助费及其他补助费用），在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分免征个人所得税。

2. 计算步骤与税额确定：

   • 查询数据：首先，您需要确定当地上年职工平均工资的具体数值。
   • 比较金额：接着，将辞退补偿金与当地上年职工平均工资的3倍进行比较，以判断是否需要缴税。
   • 税额计算：若补偿金超过3倍限额，超出部分需按综合所得税率表计税。具体计算方法为：应纳税额 =（辞退补偿收入 - 当地上年职工平均工资×3）×适用税率 - 速算扣除数。需要注意的是，工作年限超过12年的，按12年计算。

3. 未上税收系统的处理：

   • 如果辞退补偿金未上税收系统，即未进行个人所得税的申报和缴纳，那么您需要尽快与税务部门联系，了解具体的补缴流程和要求。
   • 根据税务部门的要求，准备相关的证明材料，如辞退协议、支付凭证等，以证明辞退补偿金的真实性和合理性。
   • 按照税务部门的规定，补缴应纳税额，并可能面临一定的滞纳金或罚款。

三、企业所得税处理

1. 扣除原则：

   • 根据《中华人民共和国企业所得税法》第八条，企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出，包括成本、费用、税金、损失和其他支出，其中辞退补偿金作为与企业取得收入有关的合理支出，准予在计算应纳税所得额时扣除。

2. 扣除条件与账务处理：

   • 真实性证明：企业必须提供充分的证据，如辞退协议、支付凭证及员工签收记录等，以证明辞退补偿金的真实性和合理性。
   • 合法性要求：辞退补偿金的支付需符合相关法律法规，不得存在违法违规行为。
   • 支付时机：企业应在实际支付辞退补偿金的年度进行税前扣除。若年度汇算清缴前未支付，则不得在当年扣除，而应在实际支付年度扣除。
   • 账务处理示例：当企业决定支付某员工辞退补偿时，会计分录应如下：计提时借记“管理费用 - 辞退福利”，贷记“应付职工薪酬 - 辞退福利”；实际支付时借记“应付职工薪酬 - 辞退福利”，贷记“银行存款”。

四、建议与总结

1. 咨询专业机构：由于税务处理涉及复杂的法律法规和计算规则，建议您在处理此类事务时咨询专业税务机构或律师，以确保税务处理的准确性和合规性。

2. 及时补缴税款：如果辞退补偿金未上税收系统，您应尽快与税务部门联系并补缴税款，以避免可能的滞纳金或罚款。

3. 完善内部管理：企业应加强内部管理，确保辞退补偿金的支付和税务处理符合相关法律法规的要求，避免类似问题的再次发生。

综上所述，辞退员工的补偿金税务处理需综合考虑个人所得税与企业所得税的相关规定。如果您在处理过程中遇到任何问题或需要进一步的帮助，请随时与我联系。