针对您提出的“工程鉴定机构做的鉴定报告算工程量多了被法院作为证据使用了应当怎么起诉”这一问题，核心在于对已被法院采纳的、存在工程量计算偏差的鉴定报告提出异议并寻求法律救济。以下是具体分析和建议：

1. 明确起诉对象与请求
   首先需明确，您并非直接“起诉”鉴定报告本身（鉴定报告作为证据，法院已采纳其证明力），而是需通过法律程序对鉴定结论提出异议，并请求法院重新审查或委托重新鉴定。具体可采取以下两种路径：

   • 申请重新鉴定：在诉讼过程中（如一审、二审或再审阶段），向法院提交书面申请，主张原鉴定报告存在程序违法（如鉴定机构资质不符、鉴定人员未回避等）或实体错误（如工程量计算方法错误、依据不足等），请求法院委托其他有资质的鉴定机构重新鉴定。
     
   • 对鉴定报告提出质证意见：若案件仍在审理中，您可在庭审中通过质证环节，从鉴定程序、鉴定依据、鉴定方法等角度提出异议，并提交相反证据（如施工图纸、现场照片、工程量计算书等）证明原鉴定报告工程量计算错误，削弱其证明力。

2. 关键证据与法律依据
   要成功推动法院重新审查鉴定报告，需重点准备以下证据和依据：

   • 证明鉴定程序违法：如鉴定机构未在司法行政机关备案、鉴定人员未取得相应资质、鉴定过程未通知当事人到场等，可依据《司法鉴定程序通则》第19条、第24条等条款主张鉴定程序违法，鉴定结论不应被采纳。
     
   • 证明鉴定实体错误：如工程量计算方法与合同约定或行业标准不符（如未按《建设工程工程量清单计价规范》计算）、鉴定依据的资料（如施工日志、变更签证）被篡改或遗漏等，可依据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第40条（“当事人申请重新鉴定，存在鉴定机构或者鉴定人员不具备相关鉴定资格、鉴定程序严重违法、鉴定意见明显依据不足等情形的，人民法院应当准许”）主张重新鉴定。
     
   • 提交反证：如您自行委托其他鉴定机构出具的报告、专家辅助人意见等，证明原鉴定报告工程量计算明显高于实际值。

3. 操作步骤与注意事项

   • 及时提出异议：若案件在一审阶段，需在举证期限届满前提出重新鉴定申请；若已进入二审或再审，需在法定上诉/申请再审期限内提出，并说明原鉴定报告存在重大错误。
     
   • 书面申请与听证：向法院提交书面《重新鉴定申请书》，详细说明理由并附证据；法院可能组织听证，您需提前准备质证意见和答辩材料。
     
   • 避免“恶意质疑”：若仅以“工程量多”为由无实质证据支持，法院可能不予准许重新鉴定。需确保异议理由具体、证据充分，避免被认定为拖延诉讼。

总结：您需通过申请重新鉴定或质证程序，从鉴定程序违法或实体错误角度提出异议，并提交充分证据证明原鉴定报告工程量计算错误。具体操作需结合案件阶段（一审/二审/再审）和证据情况，建议尽快整理相关材料并向我进一步咨询，我将协助您制定详细诉讼策略。