结论：在不同意公司将工资改为绩效的情况下，是否可以申请赔偿，这主要取决于公司变更工资结构的行为是否合法以及是否给你造成了实际损失。以下从不同角度为你详细分析：
一、公司变更工资结构的合法性
劳动合同约定：
- 如果劳动合同中明确约定了工资结构，包括基本工资和绩效工资的比例或计算方式，那么公司单方面变更工资结构可能构成违约。根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。变更劳动合同，应当采用书面形式。若公司未经你同意擅自变更，你有权要求公司恢复原工资结构或寻求法律救济。
公司规章制度：
- 如果公司变更工资结构是基于其合法的规章制度，且该规章制度已经过民主程序制定并公示，同时不违反法律法规的强制性规定，那么这种变更可能是合法的。但即便如此，公司也应与你进行充分沟通，确保你了解并接受新的工资结构。
二、是否可以申请赔偿
公司行为违法且造成损失：
- 如果公司变更工资结构的行为违法，且因此给你造成了实际损失（如工资减少、奖金未发放等），你可以向劳动仲裁机构申请仲裁，要求公司赔偿你的损失。在申请仲裁时，你需要提供充分的证据证明公司的违法行为以及你因此遭受的损失。
公司行为合法但未协商一致：
- 即使公司变更工资结构的行为在形式上合法（如基于规章制度），但如果未与你进行充分协商并达成一致意见，且这种变更对你产生了不利影响（如工资水平下降），你仍然可以尝试与公司进行沟通协商，寻求解决方案。如果协商无果，你也可以考虑通过法律途径维护自己的权益，但此时申请赔偿的难度可能较大，因为公司行为在形式上并未直接违反法律法规。
三、建议与行动
收集证据：
- 无论公司变更工资结构的行为是否合法，你都应首先收集相关证据，包括劳动合同、工资条、公司规章制度、变更工资结构的通知或公告等。这些证据将有助于你后续维权。
与公司沟通：
- 在收集证据的同时，你可以尝试与公司进行沟通，表达你对变更工资结构的不满和担忧。通过沟通，你可能能够与公司达成一致意见，避免不必要的法律纠纷。
寻求法律救济：
- 如果沟通无果，且你认为公司变更工资结构的行为违法或给你造成了实际损失，你可以向当地的劳动仲裁机构申请仲裁。在仲裁过程中，你需要提供充分的证据支持你的主张，并遵循仲裁机构的程序和要求。
最后，劳动纠纷的处理往往涉及复杂的法律问题和程序，如果你对此感到困惑或不确定如何操作，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况提供专业的法律建议和帮助。