结论：还款已结束多年后，若质疑利率是否合法，一般情况下难以再通过诉讼主张权利，但具体还需结合诉讼时效、合同效力及是否存在特殊情形等因素综合判断。以下从不同角度为你详细分析：
一、诉讼时效角度
- 一般规定：根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。在民间借贷纠纷中，若借款人认为利率过高，通常应在还款期限届满后三年内提起诉讼，否则可能因超过诉讼时效而丧失胜诉权。
- 特殊情形：如果借款人在还款后多年才发现利率违法（如因新出台的法律法规或司法解释导致原利率被认定为违法），且能证明自己在还款时并不知道利率违法，那么可能存在一定的诉讼时效抗辩空间。但这种情况较为罕见，且需要借款人提供充分的证据证明自己不知情。
二、合同效力角度
- 合法利率：如果原借款合同中约定的利率符合当时法律法规的规定（如未超过一年期贷款市场报价利率的四倍），那么该合同是合法有效的。即使借款人多年后质疑利率，也无法改变合同的效力，法院通常不会支持其主张。
- 违法利率：如果原借款合同中约定的利率超过了当时法律法规规定的上限（如超过一年期贷款市场报价利率的四倍），那么该部分利息约定是无效的。但借款人需要在诉讼时效期间内提出异议，否则可能因超过诉讼时效而无法获得法院支持。此外，如果借款人已经按照违法利率支付了利息，且超过诉讼时效后才发现，那么其要求返还超出部分的利息的请求也可能因超过诉讼时效而无法得到支持。
三、实际操作建议
- 收集证据：如果借款人认为原借款合同中的利率违法，应尽快收集相关证据，如借款合同、还款记录、利率计算依据等，以便在诉讼中证明自己的主张。
- 咨询律师：由于民间借贷纠纷涉及复杂的法律问题，建议借款人在采取行动前咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及可能的法律后果。
- 考虑和解或调解：如果借款人与出借人之间存在争议，且双方都有和解或调解的意愿，那么可以考虑通过和解或调解的方式解决纠纷，以节省时间和成本。
四、特殊情形说明
- 利率调整：如果借款合同签订后，国家法律法规对民间借贷利率上限进行了调整，且调整后的利率上限低于原合同约定的利率，那么借款人可以在新法律法规生效后，按照新的利率上限与出借人协商调整利率。但如果借款人已经按照原合同约定的利率支付了利息，且超过新法律法规生效后的合理期限（如一年）才发现，那么其要求返还超出部分的利息的请求可能因超过合理期限而无法得到支持。
- 欺诈或胁迫：如果借款人在签订借款合同时受到出借人的欺诈或胁迫，导致签订了不公平的利率条款，那么借款人可以在知道或应当知道欺诈或胁迫事实之日起一年内提起诉讼，请求撤销借款合同或变更利率条款。但如果借款人多年后才发现欺诈或胁迫事实，且无法证明自己在签订合同时不知道或不应知道该事实，那么其请求可能因超过诉讼时效而无法得到支持。
最后提醒：民间借贷纠纷涉及复杂的法律问题，建议你在遇到相关问题时及时向我咨询，以便更好地维护自己的合法权益。