结论：女方起诉离婚时发现男方已经死亡，这种情况下离婚诉讼程序会因一方当事人死亡而终结，同时女方需根据具体情况处理遗产继承等相关事宜。以下是详细说明：

1. 离婚诉讼程序终结
   根据《中华人民共和国民事诉讼法》相关规定，在离婚诉讼过程中，如果一方当事人死亡，法院会裁定终结诉讼。因为离婚诉讼的目的是解除婚姻关系，而婚姻关系因一方死亡自然终止，无需再通过诉讼程序解除。所以，女方起诉离婚后发现男方死亡，法院会裁定终结该离婚诉讼，女方无需再继续参与该诉讼程序。

2. 遗产继承问题
   男方死亡后，其遗产继承问题会浮出水面。如果男方留有遗嘱，那么遗产将按照遗嘱的约定进行分配；若男方没有留下遗嘱，则按照法定继承顺序来分配遗产。法定继承的第一顺序继承人包括配偶、子女、父母。在男方死亡时，女方虽已起诉离婚，但在法律上婚姻关系尚未解除，女方仍属于配偶身份，有权作为第一顺序继承人参与遗产分配。不过，如果女方存在故意杀害被继承人、为争夺遗产而杀害其他继承人等法定丧失继承权的情形，则会失去继承资格。

3. 债务处理问题
   男方死亡后，其生前所负的债务也需要进行处理。如果男方留有遗产，应当先用遗产清偿其生前所欠的债务，包括税款等。清偿债务以遗产的实际价值为限，超过遗产实际价值部分，继承人没有义务清偿，但继承人自愿偿还的不在此限。如果女方继承了男方的遗产，那么在继承遗产的范围内，有义务清偿男方生前所欠的债务。

4. 其他相关事宜
   除了遗产继承和债务处理，还可能涉及一些其他相关事宜，比如男方生前的一些保险受益人问题、抚恤金领取问题等。如果男方购买了以自己为被保险人的人身保险，且指定了受益人，那么保险金将按照保险合同的约定支付给受益人；如果没有指定受益人，则保险金作为男方的遗产进行分配。对于抚恤金，一般是发放给死者生前供养的直系亲属，女方如果符合条件，也有权领取相应的抚恤金。

建议：女方在遇到这种情况时，可以先整理好男方生前的财产、债务等相关资料，了解清楚遗产的具体情况。如果对遗产继承、债务处理等问题存在疑问或争议，可以进一步向我咨询，我会根据具体情况为你提供详细的法律建议和解决方案。