行政机关自行撤销行政处罚后，办案期限原则上应重新计算，但需结合具体程序阶段和法律规定综合判断。以下是具体分析：

1. 撤销后重新立案的，办案期限重新计算
   若行政机关撤销原行政处罚后，需重新启动调查程序（如补充证据、重新认定事实等），此时应视为新案件，办案期限从重新立案之日起计算。例如，原处罚因证据不足被撤销，行政机关需重新调查取证，此时期限从新立案通知送达当事人之日起算。

2. 撤销后直接纠正程序瑕疵的，期限可能连续计算
   若撤销仅因程序轻微违法（如未告知听证权利），且行政机关在原期限内已完成实质调查，纠正后直接作出新处罚的，期限可能连续计算。但需注意：

   • 需在原期限内完成核心调查工作；
     
   • 新处罚需基于原调查事实，仅补充程序环节；
     
   • 实践中对此情形存在争议，建议以重新立案为稳妥处理方式。

3. 法律对期限的特殊规定需优先适用
   若单行法律对特定案件的办案期限有特殊规定（如《治安管理处罚法》第99条规定的30日期限），撤销后重新处理的期限应遵循该特殊规定，而非通用期限。

实务建议：

• 行政机关应在撤销决定中明确后续处理方式（重新立案或直接纠正），避免期限争议；
  
• 当事人如认为行政机关超期处理，可要求其出具书面期限说明，或通过行政复议、诉讼主张程序违法；
  
• 具体案件需结合处罚类型、撤销原因、地方性法规等综合判断期限计算方式。

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