针对两人合作工程中一方去世，且去世方出资被认定为借出资金的情况，结合法律实务，现分情况说明处理路径及法律依据：

1. 明确资金性质：借款还是投资款？

核心结论：需先通过书面证据（如借条、合作协议）或实际履行情况，区分资金性质为借款还是投资款，这将直接影响后续处理方式。

• 若认定为借款：
  根据《民法典》第667条，借款合同是借款人向贷款人借款，到期返还借款并支付利息的合同。

  • 处理方式：去世方的继承人可依据借条等证据，向存活方主张返还借款本金及利息（如有约定）。
    
  • 例外情形：若存活方能证明借款已转化为工程投资（如双方后续签订补充协议明确资金用途），则可能按投资关系处理。

• 若认定为投资款：
  根据《民法典》合同编及《公司法》（如涉及公司制合作），投资款通常不要求返还，而是通过工程收益分配或股权转让实现退出。

  • 处理方式：
    
    1. 继承工程权益：去世方的继承人可继承其在工程中的份额（如合伙份额、股权），参与后续收益分配或决策。
       
    2. 清算工程资产：若工程未完成或终止，需先清算资产（如扣除债务后），再按出资比例分配剩余财产。
       
    3. 退伙或股权转让：若存活方同意，继承人可通过退伙结算或转让股权的方式退出，但需其他合伙人或股东同意（依合作协议或公司章程）。

2. 关键证据收集与法律程序

核心结论：无论资金性质如何，均需通过证据固定事实，并可能涉及继承程序或诉讼。

• 证据清单：

  • 书面协议：合作协议、借款合同、投资协议等；
    
  • 资金流水：转账记录、收据等证明资金交付；
    
  • 沟通记录：微信、邮件等证明双方对资金用途的约定；
    
  • 工程文件：如预算、结算单等证明资金实际使用情况。

• 法律程序：

  1. 继承程序：去世方的继承人需先办理继承公证或诉讼，确认其对工程权益的继承权；
     
  2. 协商或调解：双方可协商解决资金返还或权益分配问题，签订书面协议；
     
  3. 诉讼或仲裁：若协商不成，继承人可向法院起诉（或依仲裁条款申请仲裁），要求返还借款或确认投资权益。

3. 实务建议：降低风险的具体措施

核心结论：为避免后续纠纷，建议从以下角度完善合作架构：

1. 书面约定资金性质：在合作协议中明确资金是借款还是投资款，并约定利息、返还条件或收益分配方式；
   
2. 设立共管账户：工程资金通过共管账户进出，避免个人账户混同；
   
3. 购买保险：为合作方投保意外险，降低因一方去世导致的资金风险；
   
4. 定期对账：保留工程收支明细，确保双方对资金使用无异议。

总结

• 若资金为借款，继承人可主张返还；若为投资款，则需通过继承、清算或转让退出。
  
• 关键在于固定证据（如书面协议、资金流水）并明确资金性质。
  
• 建议优先协商解决，若无法达成一致，及时通过法律程序维护权益。
  

如有进一步细节（如合作协议内容、资金流向等），可提供更多信息以便针对性分析。