结论：上午半天不在岗下午在岗干活却没有工资，这种做法是否合法不能一概而论，需要结合具体情况来判断。
分析如下：
如果上午半天不在岗属于旷工：
- 旷工的定义：旷工通常指的是员工无正当理由未按照规定的时间到岗工作，或者未经批准擅自离岗的行为。
- 工资扣除的合法性：如果员工上午半天确实属于旷工，且公司规章制度或劳动合同中有明确规定旷工可以扣除相应工资，那么公司扣除上午半天的工资可能是合法的。但需要注意的是，扣除的工资数额应当合理，不能超过员工旷工期间应得的工资，且不能违反法律法规的强制性规定。
- 下午在岗的工资：下午员工在岗工作，公司应当支付下午的工资。如果公司因为上午旷工而拒绝支付下午的工资，这是不合法的。
如果上午半天不在岗不属于旷工：
- 非旷工的情况：例如，员工可能因病假、事假、年假等合法原因上午未到岗，或者公司安排了调休、补休等。
- 工资支付的义务：在这种情况下，公司应当支付员工全天的工资，包括上午和下午。如果公司拒绝支付上午的工资，这是不合法的。
公司规章制度和劳动合同的约定：
- 规章制度：公司应当有明确的规章制度规定旷工的处理方式和工资扣除的标准。这些规章制度应当经过民主程序制定，并向员工公示或告知。
- 劳动合同：劳动合同是员工和公司之间约定权利和义务的法律文件。如果劳动合同中有关于旷工和工资扣除的约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么双方应当按照约定履行。
建议：
- 核实原因：首先，你需要核实上午半天不在岗的具体原因，以及公司是否将其认定为旷工。
- 查看规章制度和劳动合同：查看公司的规章制度和劳动合同中是否有关于旷工和工资扣除的约定，以及这些约定是否合法合理。
- 与公司沟通：如果公司拒绝支付工资或扣除的工资数额不合理，你可以与公司进行沟通协商，要求公司支付应得的工资。
- 寻求法律援助：如果沟通无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。
可能涉及的法律后果：
- 如果公司违法扣除工资：根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，公司违法扣除工资的，员工有权要求公司支付被扣除的工资，并可能要求公司支付赔偿金。
- 如果员工旷工：如果员工确实存在旷工行为，且公司规章制度或劳动合同中有明确规定，公司可以按照规定扣除相应工资或采取其他处理措施。但公司应当确保处理措施的合法性和合理性。
总之，上午半天不在岗下午在岗干活却没有工资是否合法，需要结合具体情况来判断。如果你对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。