结论：在双方协商付完保全费后对方撤诉的情况下，一般意味着诉讼程序终结，但具体还需根据双方协商的内容和撤诉的具体情况来判断后续事宜。以下从多个角度为你详细分析：
一、撤诉的法律效果
诉讼程序终结：根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，原告撤诉后，法院会裁定准许撤诉，诉讼程序即告终结。这意味着，就本次诉讼而言，法院不再对案件进行审理和判决。
再次起诉的可能性：撤诉后，原告在符合起诉条件的情况下，仍然可以再次向法院提起诉讼。但需要注意的是，如果撤诉是因为双方已经达成和解或调解协议，且该协议已经履行完毕，那么原告再次起诉可能会面临一定的法律障碍，如重复起诉、违背诚信原则等。
二、保全费的承担
协商确定：双方协商付完保全费，这通常是基于双方之间的和解或调解协议。在这种情况下，保全费的承担方式应按照协议中的约定来执行。如果协议中明确规定了保全费由哪一方承担，那么双方应按照协议履行。
法院裁定：如果双方没有达成和解或调解协议，而是由法院根据案件情况裁定保全费的承担方式，那么撤诉后，保全费的承担也应以法院的裁定为准。但通常情况下，撤诉后保全费会由原告承担，除非法院另有裁定。不过，既然你们已经协商付完保全费，那么这一点可能就不再是争议焦点。
三、后续事宜的处理
确认撤诉文件：在对方撤诉后，你应要求法院出具撤诉裁定书或相关证明文件，以确认诉讼程序已经终结。这是保障你权益的重要步骤，可以避免未来可能出现的纠纷。
履行和解或调解协议：如果双方已经达成了和解或调解协议，并且协议中涉及了其他事项（如赔偿、履行义务等），那么双方应按照协议履行。如果一方不履行协议，另一方可以依据协议向法院提起诉讼或申请强制执行。
保留相关证据：在处理后续事宜的过程中，你应保留好所有与案件相关的证据和文件，包括和解或调解协议、撤诉裁定书、保全费支付凭证等。这些证据和文件在未来可能出现的纠纷中将成为你维护权益的重要依据。
四、特殊情况的处理
撤诉后反悔：如果对方在撤诉后反悔，并试图再次提起诉讼或采取其他法律行动，你应根据具体情况采取相应的应对措施。例如，如果对方再次起诉，你可以依据之前的和解或调解协议进行抗辩；如果对方采取其他非法手段，你可以向公安机关报案或向法院申请保护令等。
协议履行纠纷：如果在履行和解或调解协议的过程中出现纠纷，双方应首先尝试通过协商解决。如果协商无果，你可以依据协议向法院提起诉讼或申请仲裁（如果协议中有仲裁条款的话）。
建议：在处理这类问题时，建议你保持冷静和理性，按照法律程序和规定来操作。如果有任何疑问或不确定的地方，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供专业的法律建议。