结论：分居三年多了起诉离婚，即使有一方不同意，法院在符合法定条件的情况下是可以强行判决离婚的。
法律背景与解释：
法定离婚条件：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
- 其中，“感情确已破裂”是法院判决离婚的核心标准。分居满一定年限（通常是两年，但具体可能因地区和法院实践而有所差异，不过三年显然已满足或超过这一通常标准）且经调解无效，是证明感情确已破裂的重要情形之一。
分居与离婚的关系：
- 分居本身并不直接导致离婚，但长期分居（如三年）且双方无和好可能，是法院判断感情是否确已破裂的重要依据。
- 在分居期间，如果双方没有共同生活、没有履行夫妻义务，且这种状态持续较长时间，可以视为感情已经破裂。
法院的判决权：
- 法院在审理离婚案件时，会综合考虑双方的感情状况、分居时间、调解情况等因素，来决定是否判决离婚。
- 如果一方坚决不同意离婚，但法院认为双方感情确已破裂，且调解无效，那么法院有权强行判决离婚。
法律建议：
收集证据：
- 在提起离婚诉讼前，建议收集能够证明双方感情确已破裂的证据，如分居协议、租房合同、水电费缴纳记录、证人证言等，以证明双方已经长期分居且无和好可能。
寻求调解：
- 在提起诉讼前或诉讼过程中，可以尝试通过调解来解决问题。如果调解成功，可以签订调解协议并申请法院确认，从而避免诉讼的繁琐和不确定性。
准备诉讼材料：
- 如果调解无果，需要准备充分的诉讼材料，包括起诉状、证据材料等，以支持自己的诉讼请求。
关注法院判决：
- 在诉讼过程中，要关注法院的判决结果。如果法院判决离婚，要按照判决内容履行相关义务；如果法院未判决离婚，可以考虑是否上诉或等待一段时间后再次提起诉讼。
可能的法律后果：
- 如果法院判决离婚，双方将解除婚姻关系，需要按照判决内容处理财产分割、子女抚养等问题。
- 如果法院未判决离婚，双方仍然保持婚姻关系，但可以通过再次提起诉讼或采取其他措施来继续寻求离婚。
总之，分居三年多了起诉离婚，即使有一方不同意，法院在符合法定条件的情况下是可以强行判决离婚的。如果你面临这样的情况，建议咨询专业律师（即我，巫阳华律师）以获取更具体的法律建议和帮助。