在分居期间两人没有任何联系，且已经是第三次起诉离婚的情况下，即使女方不同意，法院也有很大的可能性会判决离婚。以下是对这一问题的详细分析：

1. 法律规定与司法实践：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
   • 因感情不和分居满二年是法院认定夫妻感情破裂的法定情形之一。在本案例中，双方已经分居且没有任何联系，这符合因感情不和分居的法定条件。
   • 第三次起诉离婚本身也反映了夫妻双方感情裂痕的严重性和持续性。在司法实践中，多次起诉离婚往往被视为夫妻感情难以挽回的重要标志。

2. 法院判决的考量因素：

   • 法院在判决离婚时，会综合考虑夫妻关系的现状、是否存在复合的可能性以及双方的具体情况等因素。
   • 在本案例中，由于双方已经分居且没有联系，且已经是第三次起诉离婚，法院很可能会认为夫妻感情已经彻底破裂，没有复合的可能。

3. 特殊情况的处理：

   • 当然，也存在一些特殊情况可能影响法院的判决。例如，如果女方能够提供证据证明夫妻感情仍有挽回的余地，或者存在其他特殊情况（如一方患有重大疾病等），法院可能会谨慎判决。

综上所述，虽然女方不同意离婚，但考虑到双方已经分居且没有联系，且已经是第三次起诉离婚，法院有很大的可能性会判决离婚。不过，具体判决结果还需根据法院的审理情况和双方的具体证据来确定。如果你有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。