结论：分居两年且到法院起诉三次，一方不同意离婚的情况下，法院是否会判离，不能一概而论，但如果符合法定条件，尤其是因感情不和分居满两年且调解无效，法院通常会判离。以下从多个角度进行分析：
一、法律依据
根据《民法典》第1079条的规定，人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。其中，因感情不和分居满二年，调解无效的，是法院应当准予离婚的法定情形之一。此外，如果经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，也应当准予离婚。
二、法律分析
分居原因与性质：
- 关键在于分居是否因感情不和导致。如果是因为感情不和而分居，且分居期间双方无和好迹象，法院倾向于认定感情破裂。
- 如果分居是因工作、学习等客观原因导致，但双方仍有情感交流，可能不被认定为“感情不和分居”，从而影响法院的判决。
分居时间的连续性：
- 分居两年的时间必须是连续的。如果分居期间有间断，比如分居一年后又同居，后来又分居一年，这样的分居时间可能不被法院认可。
证据保留：
- 分居两年必须要保留证据，如租房合同、双方签订的分居协议、能够证明双方确实分居两年的聊天记录或其他凭证。没有证据，法院可能会驳回离婚申请。
三、实践中的考量因素
调解情况：
- 法院在审理离婚案件时，会首先进行调解。如果调解无效，且符合法定判离条件，法院才会判离。
一方不同意离婚的态度：
- 即使一方不同意离婚，但如果符合法定判离条件，法院仍有可能判离。不过，如果一方以极端方式（如威胁自杀）反对离婚，法院可能会暂缓判决以保障人身安全。
婚姻现状与子女抚养：
- 法院会评估婚姻现状，如是否存在家暴、出轨等严重问题，以及离婚对子女的影响。如果婚姻现状恶化严重，或者离婚对子女成长更为有利，法院可能更倾向于判离。
四、建议
收集证据：
- 如果打算以分居为由起诉离婚，务必收集好分居期间的证据，如租房合同、水电费账单、聊天记录等，以证明双方确实因感情不和而分居满两年。
寻求专业帮助：
- 离婚案件涉及法律程序和证据收集等复杂问题，建议寻求专业律师的帮助，以确保自己的权益得到充分保障。
考虑调解：
- 在起诉前或诉讼过程中，可以考虑通过调解解决纠纷。调解不仅可以节省时间和精力，还有可能达成双方都能接受的离婚协议。
总结来说，分居两年且到法院起诉三次，一方不同意离婚的情况下，法院是否会判离取决于多种因素。如果符合法定判离条件，尤其是因感情不和分居满两年且调解无效，法院通常会判离。但为了确保自己的权益得到充分保障，建议收集好证据并寻求专业律师的帮助。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。