核心结论：处理国有土地使用证与自留地纠纷，需先明确纠纷性质，再根据不同情况采取协商、行政处理、诉讼等途径解决。以下是详细分析：

1. 明确纠纷性质

   • 土地权属争议：首先要确定纠纷的核心是土地权属问题，即双方对土地的所有权或使用权存在争议。国有土地使用证是证明国有土地使用权的法定凭证，而自留地通常是指农村集体经济组织分配给成员长期使用的少量土地，用于家庭副业并可长期使用，其土地所有权归集体。如果纠纷是围绕国有土地与自留地的界限、归属等权属问题展开，那么需要依据相关法律法规和证据来明确权属。
   • 侵权纠纷：若一方认为另一方在国有土地或自留地的使用过程中侵犯了自己的合法权益，如未经允许占用土地、破坏土地上的附着物等，这就属于侵权纠纷。这种情况下，需要明确侵权行为的具体表现、造成的损害后果以及侵权行为与损害后果之间的因果关系。

2. 协商解决

   • 自行协商：在纠纷发生初期，双方可以尝试自行协商解决。通过友好沟通，了解对方的诉求和立场，寻求双方都能接受的解决方案。例如，如果是因土地界限不清产生的纠纷，双方可以共同查找历史资料、参考周边土地情况等，重新确定合理的界限，并签订书面协议明确各自的权利和义务。
   • 第三方协助协商：如果自行协商困难，可以邀请村委会、居委会或双方都信任的第三方介入协助协商。这些第三方通常具有一定的威望和公信力，能够从中调解，促进双方达成和解协议。例如，农村地区的土地纠纷可以邀请村干部参与调解，他们熟悉当地情况和土地政策，有助于推动纠纷的解决。

3. 行政处理

   • 申请行政确权：如果协商无法解决权属争议，当事人可以向当地国土资源管理部门申请行政确权。国土资源管理部门会根据相关法律法规和调查结果，对土地的权属作出认定。在申请行政确权时，当事人需要提供相关证据，如土地使用证、土地承包合同、历史资料等，以支持自己的主张。
   • 行政复议：如果当事人对国土资源管理部门作出的行政确权决定不服，可以在法定期限内向上级国土资源管理部门或同级人民政府申请行政复议。行政复议机关会对原行政行为进行审查，并作出复议决定。例如，当事人认为国土资源管理部门确权错误，通过行政复议可以纠正错误的行政行为，维护自己的合法权益。

4. 诉讼解决

   • 民事诉讼：对于侵权纠纷或经过行政处理后仍无法解决的权属争议，当事人可以向人民法院提起民事诉讼。在民事诉讼中，当事人需要向法院提交起诉状和相关证据，法院会根据事实和法律进行审理，并作出判决。例如，因土地侵权行为造成经济损失的，受害人可以通过民事诉讼要求侵权人赔偿损失。
   • 行政诉讼：如果当事人对国土资源管理部门作出的行政行为（如行政确权决定、行政处罚决定等）不服，且不属于行政复议范围或对行政复议决定不服的，可以向人民法院提起行政诉讼。行政诉讼主要是审查行政行为的合法性，法院会判断国土资源管理部门的行政行为是否符合法律规定，从而保障当事人的合法权益。

在处理这类纠纷时，建议你收集和保留好相关证据，如土地使用证、土地承包合同、照片、证人证言等，以便在协商、行政处理或诉讼过程中维护自己的合法权益。如果你还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。