针对公司员工三天两头旷工的问题，这是一个涉及公司管理、劳动纪律以及法律法规的复杂情况。以下是我为您提供的详细、有深度的处理建议：
一、初步调查与核实
首先，公司应当对员工的旷工行为进行详细的调查和核实。这包括确认旷工的具体天数、时间段，以及是否有合理的解释或特殊情况（如突发疾病、家庭紧急事务等）。调查过程中，公司可以通过查阅考勤记录、监控视频、与同事沟通等方式收集证据，确保对旷工事实的认定准确无误。
二、与员工进行沟通
在确认旷工事实后，公司应尽快与员工进行沟通。沟通的目的是了解员工旷工的具体原因，评估其旷工行为的性质和严重程度，并尝试通过协商解决问题。如果员工有合理的解释或特殊情况，公司可以考虑给予一定的宽容或协助，如调整工作时间、提供必要的支持等。
三、依据公司规章制度处理
如果员工的旷工行为没有合理的解释或特殊情况，且严重违反了公司的规章制度，公司应依据相关法律法规和内部规定进行处理。处理方式可以包括：
警告与批评：通过口头或书面警告明确指出旷工行为违反了公司规定，要求员工认识错误并保证不再出现类似情况。同时，可进行公开批评以起警示作用。
扣除相应工资：员工旷工期间未履行工作职责，公司有权拒绝支付这期间的工资。一般会按旷工天数乘以日工资的方式从当月工资中扣除，并可能影响全勤奖、绩效奖金等。
影响绩效评估：旷工行为将对员工的绩效评估产生负面影响，可能导致绩效评分降低，进而影响绩效奖金发放比例及职业晋升机会。
单方面解除劳动合同：如果员工的旷工行为被认定为严重违反公司规章制度，且公司规章制度中明确规定了此类情况下的解除劳动合同条款，公司可以单方面解除劳动合同，且无需支付经济补偿金。但在此之前，公司必须确保规章制度制定程序合法，并向员工公示或告知。
四、发出书面通知
在处理旷工行为时，公司应向员工发出书面通知，明确告知其旷工事实、处理依据和处理结果。书面通知应详细、准确，并作为后续劳动争议处理的证据。
五、执行处理决定并办理离职手续（如适用）
根据处理决定，公司可以执行相应的处罚措施。如果决定解除劳动合同，公司应按照法律法规和公司内部规定办理离职手续，包括结清工资、转移社保关系、归还公司财物等。
六、加强预防与教育
除了对旷工行为进行处理外，公司还应加强预防与教育。通过定期开展劳动纪律培训、加强员工沟通与交流、完善考勤管理制度等方式，提高员工对劳动纪律的认识和遵守意识，预防旷工行为的发生。
七、注意事项
在处理旷工行为时，公司应确保处理方式的合法性、公正性和合理性。同时，注重与员工的沟通和协商，尽量通过和解的方式解决问题。如果员工对公司的处理结果有异议，应通过合法途径维护自己的权益。
综上所述，处理员工三天两头旷工的问题需要公司综合考虑多方面因素，并依据相关法律法规和内部规定进行妥善处理。希望这些建议能对您有所帮助。