土地流转后建房是否合法，主要取决于土地的性质、规划用途以及是否履行了合法的审批程序。以下是对此问题的详细分析：

一、土地性质与用途管制

1. 农用地上的建房规定：

   • 一般情况下的不合法性：根据《中华人民共和国土地管理法》第三十七条，农用地（如耕地、林地、草地等）是直接用于农业生产的土地，受到法律的严格保护。未经依法批准，任何单位和个人都不得改变农用地的用途用于非农业建设，包括建房。
   • 特殊情况下的合法性：若因农业生产需要建造临时性或辅助性建筑物（如看护房、农资农具存放点等），需向相关土地管理部门提出申请，经批准后方可进行，且需严格遵循审批程序和面积限制。

2. 建设用地上的建房规定：

   • 取得合法审批后的合法性：如果流转的土地本身为建设用地，且建房者已取得规划许可、用地许可等审批手续，则建房行为合法。
   • 未取得合法审批的不合法性：无论土地性质如何，未按规定办理审批手续即擅自建房，均属违法。例如，在集体建设用地上未经批准擅自建设与规划不符的商业建筑。

二、审批程序与合规性

1. 依法审批的重要性：

   • 即便土地性质符合要求，建房也需要经过一系列严格的审批程序。通常要向当地的自然资源部门、住建部门等提出申请，提交土地使用证明、建设规划设计方案等材料。
   • 经过审核批准，取得建设用地规划许可证、建设工程规划许可证等相关证件后，才能开工建设。

2. 农用地转用的审批：

   • 如果流转的土地属于农用地，但确实需要在该土地上建房，必须先依法办理农用地转用审批手续。
   • 将农用地转为建设用地，并取得相应的建设用地使用权。这一过程中还需符合当地的规划、环保等相关要求。

三、特殊情况下的宅基地流转与建房

• 在部分符合条件的地区，允许宅基地流转。受让方如果符合宅基地申请条件，并经过相关部门批准，可以在流转取得的宅基地上建房。
• 但各地对于宅基地流转的规定差异较大，需遵循当地关于宅基地面积标准、建设风格等具体规定。

四、违法建房的法律后果与建议

1. 法律后果：

   • 县级以上地方人民政府有关主管部门将依法对违法建房行为进行处罚，包括责令停止建设、限期拆除、罚款等。
   • 若给土地造成严重损害或破坏生态环境，发包方有权要求终止土地经营权流转合同，并要求赔偿损失。

2. 建议措施：

   • 在进行土地流转并计划建房前，务必了解当地法律法规和政策规定，确保建房行为的合法性。
   • 向当地土地管理部门、规划部门咨询，确保建房符合规划要求，并依法办理相关审批手续。

总结来说，土地流转后建房的合法性取决于多个因素的综合考量，包括土地的性质、规划用途以及是否履行了合法的审批程序。为避免法律风险，建议在进行土地流转并计划建房前，充分了解相关法律法规和政策规定，并严格按照审批程序进行操作。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。