企业已破产的情况下，行政机关已经立案的案件是否可以撤销立案，需分情况讨论：

1. 若案件与破产企业直接相关，且属于破产程序可处理的范畴：

   • 在企业破产程序中，管理人会接管企业的财产、印章和账簿、文书等资料，调查企业财产状况，制作财产状况报告，并代表企业参与诉讼或仲裁等活动。如果行政机关立案的案件涉及破产企业的财产、债务等，且这些事项可以通过破产程序得到妥善处理，那么行政机关在了解企业破产情况后，可能会考虑撤销立案或中止案件处理，待破产程序终结后再根据情况决定是否恢复处理。这是因为破产程序具有优先性和概括性，能够集中处理企业的所有债权债务关系，避免重复处理和资源浪费。

2. 若案件涉及破产企业以外的第三方或特定违法行为：

   • 如果行政机关立案的案件虽然与企业有关，但主要涉及的是企业以外的第三方（如企业的法定代表人、董事、监事或高级管理人员等）的违法行为，或者涉及的是企业破产前已发生的、但破产程序无法直接处理的特定违法行为（如环境污染、偷税漏税等），那么行政机关通常不会因企业破产而撤销立案。在这种情况下，行政机关会继续依法调查处理，追究相关责任人的法律责任。

3. 行政机关立案的合法性与程序要求：

   • 行政机关立案必须基于合法的理由和充分的证据，且需遵循法定的程序要求。如果行政机关在立案后发现案件不符合立案条件，或者存在其他应当撤销立案的情形（如证据不足、法律适用错误等），那么行政机关有权依法撤销立案。这一权力并不因企业是否破产而受到影响。

法律建议：

• 对于企业而言，如果已进入破产程序，应及时向行政机关通报破产情况，并提供相关证明材料，以便行政机关了解案件背景，作出合理决策。
• 对于行政机关而言，在处理涉及破产企业的案件时，应充分考虑破产程序的优先性和概括性，避免与破产程序产生冲突或重复处理。同时，也应依法行使撤销立案的权力，确保案件处理的合法性和公正性。

可能后果：

• 如果行政机关错误地撤销了应当继续处理的案件，可能会面临行政复议或行政诉讼的风险，需要承担相应的法律责任。
• 如果企业或相关责任人隐瞒破产情况，导致行政机关作出错误决策的，也可能面临法律责任和信誉损失。

如有任何进一步疑问或需要具体的法律帮助，请直接向我咨询，我会结合你的具体情况提供更详细的法律意见。