工业用地抵押权在设立时是可以设置限制条件的，但这些限制条件需符合法律规定且不得损害抵押权人的合法权益。以下从多个角度对此问题进行详细分析：
一、法律层面的限制条件
抵押合同中的约定：
- 抵押人与抵押权人在签订抵押合同时，可以就抵押物的使用、转让、出租等事项进行约定，这些约定即构成对抵押权的限制条件。例如，双方可以约定在抵押期间，抵押人不得擅自改变土地用途或转让抵押土地，除非得到抵押权人的书面同意。
- 法律依据：根据《民法典》的相关规定，抵押合同是抵押权设立的基础，合同中的条款对双方具有法律约束力。因此，通过抵押合同设置限制条件是合法且有效的。
法律规定的限制：
- 除了抵押合同中的约定外，法律还对抵押权的行使设定了一些限制。例如，抵押期间，抵押人转让抵押财产的，应当及时通知抵押权人。抵押权人能够证明抵押财产转让可能损害抵押权的，可以请求抵押人将转让所得的价款向抵押权人提前清偿债务或者提存。
- 特殊规定：对于工业用地，还可能受到国有土地管理规定及地区特定政策要求的限制。这些规定和政策可能对抵押权的设立、行使和转让等方面设定额外的限制条件。
二、实际操作中的限制条件
抵押权人的监督权：
- 抵押权人有权监督抵押人对土地的使用情况，确保土地价值不受损害。如果抵押人违反抵押合同中的约定或法律规定，擅自改变土地用途或损害土地价值，抵押权人有权要求抵押人停止侵害、恢复原状或承担赔偿责任。
- 实践建议：抵押权人在设立抵押权时，应明确约定监督方式和违约责任，以便在抵押期间有效行使监督权。
抵押物的处置限制：
- 在实现抵押权时，抵押权人可能面临土地难以变现的问题，尤其是涉及地上建筑物及第三方权益时。因此，在抵押合同中明确相关事项，如要求抵押人妥善处理地上附着物、确保抵押物无权利瑕疵等，可以降低处置风险。
- 风险提示：如果抵押土地存在产权瑕疵或未办理合法手续，可能导致抵押合同无效或抵押权无法实现。因此，抵押前应仔细审查土地证件和手续，确保合法性。
三、设置限制条件的注意事项
合法性：
- 设置的限制条件必须符合法律规定，不得违反法律、行政法规的强制性规定或公序良俗。否则，这些限制条件可能被认定为无效。
合理性：
- 限制条件应合理且必要，不得过度限制抵押人的合法权益。例如，不得无故禁止抵押人正常使用土地进行生产经营活动。
明确性：
- 限制条件应明确具体，避免模糊不清或产生歧义。这样有助于双方在抵押期间明确各自的权利义务，减少纠纷的发生。
总结与建议：工业用地抵押权在设立时是可以设置限制条件的，但这些限制条件需符合法律规定且不得损害抵押权人的合法权益。在实际操作中，抵押人和抵押权人应通过抵押合同明确约定限制条件，并确保这些条件的合法性、合理性和明确性。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。