农业合作社在没有理事同意的情况下，一般不能直接变更股东（成员），但具体需结合合作社章程和法律规定综合判断。以下是详细分析：

1. 农业合作社的成员变更需遵循法定程序
   根据《中华人民共和国农民专业合作社法》第二十四条，成员加入或退出合作社需经成员大会或成员代表大会表决通过，并办理相关登记手续。理事会作为执行机构，通常负责日常管理，但成员变更属于重大事项，需由成员大会决议，而非理事会单独决定。因此，若章程未授权理事会直接批准成员变更，则需召开成员大会表决。

2. 合作社章程的优先适用性
   若合作社章程明确规定“成员变更需理事会同意”，则需按章程执行；但章程条款不得违反法律强制性规定（如剥夺成员基本权利）。若章程未规定或规定模糊，则应优先适用《农民专业合作社法》中关于成员大会决议的要求。实践中，章程约定与法律冲突时，法律优先，因此仅理事同意可能不足以完成变更。

3. 实际操作中的例外情形

   • 紧急情况或章程特别授权：若章程明确赋予理事会在特定情况下（如成员死亡、丧失行为能力等）直接批准变更的权力，且该条款不违法，则可能例外。
     
   • 全体成员书面同意：部分合作社章程可能规定，若全体成员签署书面文件同意变更，可绕过成员大会。但此情形需严格符合章程条件，否则仍可能无效。

4. 建议操作步骤

   • 查阅合作社章程：确认成员变更的具体程序要求（如是否需理事会同意、成员大会表决比例等）。
     
   • 召开成员大会：若章程未授权理事会直接决定，应按法定程序召开成员大会，并经代表三分之二以上表决权的成员通过。
     
   • 办理工商登记：变更后需及时向市场监管部门申请备案，确保对外公示效力。

总结：农业合作社成员变更通常需成员大会决议，理事会同意一般不足以单独完成变更。若您涉及具体操作，建议先核查章程条款，再按法定程序推进，避免因程序瑕疵导致变更无效。如有进一步疑问，可直接向我咨询。