若轻伤二级被依法认定为正当防卫，派出所将依法撤销案件，终止侦查程序，并作出不予处罚决定，案件以无罪方式结案。以下是具体分析：
法律定性层面
根据《刑法》第二十条，正当防卫是法律赋予公民的合法权利，对正在进行的不法侵害采取的必要防卫行为，造成不法侵害人损害的，不负刑事责任。若轻伤二级的伤害结果被认定为防卫行为的必要限度内，则防卫人无罪，公安机关必须依法终止刑事追诉程序。
派出所处理流程
- 撤销案件：派出所需在查明事实后，依据《公安机关办理刑事案件程序规定》第一百八十六条，制作《撤销案件决定书》，终止对防卫人的刑事侦查。
- 解除强制措施：若防卫人此前被采取刑事拘留、取保候审等强制措施，应立即解除。
- 结案归档：将案件材料整理归档，注明“正当防卫，撤销案件”结论，并通知防卫人及被害人（若存在）。
对被害人的处理
- 若被害人（不法侵害人）的伤情构成轻伤二级，但其行为已被认定为“不法侵害”，则其需自行承担医疗费用等损失，无权要求防卫人赔偿。
- 若被害人对防卫认定有异议，可依法向公安机关提出复议，或向检察院申请立案监督，但不影响派出所当前结案决定。
特殊情形提示
- 防卫过当风险：若防卫行为明显超过必要限度（如对方已停止侵害后继续攻击），可能被认定为防卫过当，需承担刑事责任，但应减轻或免除处罚。此时案件会移送检察院审查起诉。
- 证据审查关键：派出所的认定需基于完整证据链（如现场监控、证人证言、伤情鉴定等），若证据不足，可能无法直接结案，需进一步补充侦查。
建议：若您或他人涉及此类案件，务必保留现场证据（如录音、录像、医疗记录），及时委托律师介入，确保防卫行为被依法认定。如有具体案情需分析，可直接向我咨询。