您好，关于您提出的“员工手册奖惩制度是否合法”的问题，这是一个涉及劳动法和企业内部管理的重要议题。以下是我为您提供的详细解答：
首先，要明确的是，员工手册中的奖惩制度并非绝对合法或非法，其合法性取决于具体内容、制定程序以及实施方式。
一、奖惩制度的合法性基础
规章制度需合法制定：根据《劳动合同法》等相关法律法规，企业制定的规章制度（包括员工手册中的奖惩制度）必须内容合法、程序正当。这意味着奖惩制度不能违反国家法律法规的强制性规定，且在制定过程中应充分听取员工意见，确保员工的知情权和参与权。
惩戒措施需合理适度：企业运用惩戒权对员工进行管理时，必须确保惩戒措施合理适度，不能过度侵犯员工的合法权益。例如，罚款作为行政处罚种类之一，只能由相应的行政机关进行，公司无权对员工进行罚款。但企业可以在规章制度中规定扣除相应比例的绩效工资等合理惩戒措施。
二、奖惩制度可能存在的违法情形
内容违法：如果奖惩制度中包含违反国家法律法规的强制性规定，如歧视性条款、侵犯员工隐私权等，则这些条款是违法的。
程序违法：如果奖惩制度的制定过程未遵循民主程序，未充分听取员工意见，或者未向员工公示，则这些制度可能因程序违法而无效。
实施违法：即使奖惩制度本身合法，但在实施过程中如果存在滥用惩戒权、过度惩戒等行为，也可能构成违法。
三、实际案例分析
以您提供的案例为例：
穿短裤上班被开除案：法院审理认为，公司有权因为丁某违反规章制度与其解除劳动合同，但公司未提交证据证明其规章制度制定的合法性，故支持了丁某的主张。这说明，即使员工存在违纪行为，但如果企业的规章制度本身不合法或未向员工公示，企业也不能据此解除劳动合同。
小汪违纪被解雇案：法院经审理认为，格岸公司出具的三张奖惩单虽然有员工签字，但上面所列的行为缺乏事实依据，也找不到与之对应能够认定为违纪的规章制度，均不能证明小汪存在严重违纪行为。这说明，奖惩单的数量并不能决定员工行为的违纪性质，必须结合具体事实和规章制度进行综合判断。
四、建议
企业应确保奖惩制度的合法性：在制定奖惩制度时，应充分了解国家法律法规的强制性规定，确保制度内容合法、程序正当。同时，应向员工公示并征求意见，确保员工的知情权和参与权。
员工应了解自身权益：作为员工，应了解自己的合法权益和企业的规章制度。在入职时，应仔细阅读员工手册等规章制度文件，并咨询相关法律问题。如果发现企业的规章制度存在违法情形或侵犯自身权益的行为，应及时向相关部门投诉或寻求法律援助。
双方应共同构建和谐劳动关系：企业和员工应相互尊重、相互理解，共同构建和谐有序的用工环境。企业应合理运用惩戒权对员工进行管理，员工也应遵守企业的规章制度和劳动纪律。
希望以上解答能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时告诉我。