当申请人与公司存在劳务关系，且公司收到《工伤认定限期举证通知书》时，回复函的撰写需要特别谨慎和详细。以下是为您提供的具体回复步骤和建议：
一、明确回复要求与情况
仔细阅读通知书：
- 核实通知书中的用人单位名称和受伤害职工信息是否准确无误。
- 清晰了解社保行政部门要求的举证事项，这通常包括劳务关系的证明、受伤的时间、地点、原因以及伤害程度等。
- 特别注意举证期限，确保在规定时间内完成回复和证据的提交，以避免任何不利后果。
评估工伤情况：
- 根据《工伤保险条例》的相关规定，结合实际情况，初步判断职工所受伤害是否属于工伤范畴。
二、准备充分的证据材料
劳务关系证明：
- 提供劳务合同、工资支付记录、工作证或劳务派遣协议等，以证明申请人与公司之间的劳务关系。
事故相关证据：
- 如果认可工伤，应提供工作安排记录、同事的书面证明、医疗机构的诊断证明（需明确显示伤害与工作之间的关联）等。
- 如果不认可工伤，应准备考勤记录、场地规划图、人员证言、工作任务分配单及操作流程规范等，以证明伤害与工作无直接因果关系。
三、撰写回复函
标题与抬头：
- 标题可设为“关于[职工姓名]工伤认定举证的回复”。
- 抬头应写明受理工伤认定的劳动保障行政部门名称。
正文内容：
- 基本信息：简要介绍用人单位名称、职工姓名、通知书编号及回复日期。
- 陈述事实：详细陈述事故发生的时间、地点、经过及单位调查了解的情况，确保与提供的证据材料一致。
- 提供证据列表：逐一列举所提交的证据材料，并简要说明每份证据的证明内容和目的。
- 明确意见：清晰表达公司对工伤认定申请的意见，即是否认可为工伤，并给出具体的理由和依据。
落款：
- 用人单位应加盖公章，并由相关负责人签字，以确保回复的正式性和有效性。
四、及时提交并保持沟通
- 及时提交：在规定的举证期限内，将回复函和所有证据材料提交给社保行政部门。
- 申请延期：如遇特殊情况需延期举证，应及时向社保行政部门提出申请，并说明具体理由。
- 保持沟通：在整个过程中，与社保行政部门保持密切沟通，确保工伤认定工作的顺利进行。对于社保行政部门可能提出的疑问或需要进一步核实的情况，公司应积极配合并提供必要的协助。
综上所述，回复《工伤认定限期举证通知书》需要公司明确回复要求、准备充分的证据材料、撰写条理清晰的回复函，并及时提交且保持与社保行政部门的沟通。这样才能有效维护公司的合法权益，也为工伤认定工作提供准确、可靠的依据。