施工单位违规的处罚主体及方式主要取决于违规的性质和严重程度，一般来说，可能涉及行政处罚、刑事处罚以及民事赔偿等多个方面。以下是对此问题的详细解析：
一、行政处罚
处罚主体：行政处罚通常由建设行政主管部门或相关监管机构执行。
处罚情形与方式：
- 未取得施工许可证擅自施工：根据《中华人民共和国建筑法》第六十四条，未取得施工许可证或者开工报告未经批准擅自施工的，责令改正，对不符合开工条件的责令停止施工，并可以处以罚款。
- 超越资质等级或违法承揽工程：依据《建设工程质量管理条例》第六十条和第二十五条，施工单位超越本单位资质等级承揽工程的，或未依法取得相应等级的资质证书承揽工程的，责令停止违法行为，对施工单位处工程合同价款2%以上4%以下的罚款，可以责令停业整顿，降低资质等级；情节严重的，吊销资质证书；有违法所得的，予以没收。
- 工程质量不符合规定标准：根据《建设工程质量管理条例》第六十四条，施工单位在施工中偷工减料的，使用不合格的建筑材料、建筑构配件和设备的，责令改正，处工程合同价款2%以上4%以下的罚款；造成建设工程质量不符合规定的质量标准的，负责返工、修理，并赔偿因此造成的损失；情节严重的，责令停业整顿，降低资质等级或者吊销资质证书。
- 安全管理违规：若施工单位未履行安全生产管理责任，或发生安全事故，建设行政主管部门可依据《建设工程安全生产管理条例》等相关法规，责令限期改正；逾期未改的，可处以罚款，甚至责令停业整顿。
二、刑事处罚
处罚主体：刑事处罚由司法机关（如法院）执行。
处罚情形与方式：
- 重大责任事故罪：在生产、作业中违反安全管理规定，导致重大伤亡事故或其他严重后果的，依据《中华人民共和国刑法》第一百三十四条第一款，处三年以下有期徒刑或者拘役；情节特别恶劣的，处三年以上七年以下有期徒刑。
- 工程重大安全事故罪：建设单位、设计单位、施工单位、工程监理单位违反国家规定，降低工程质量标准，造成重大安全事故的，根据《刑法》第一百三十七条，对直接责任人员处五年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；后果特别严重的，处五年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。
- 重大劳动安全事故罪：安全生产设施或条件不符合国家规定，导致重大伤亡事故或其他严重后果的，依据《刑法》第一百三十五条，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员，处三年以下有期徒刑或者拘役；情节特别恶劣的，处三年以上七年以下有期徒刑。
三、民事赔偿
赔偿主体：民事赔偿通常由施工单位向受损方（如建设单位、业主、第三方等）支付。
赔偿情形与方式：
- 如果因施工违规操作给他人造成了损害，施工单位需承担相应的民事赔偿责任，包括经济损失、精神损失等。赔偿金额通常根据实际损失、合同约定以及相关法律法规进行确定。
四、总结与建议
施工单位在从事建设活动时，必须严格遵守相关法律法规和规范标准，加强安全管理，确保施工过程的安全和质量。若发生违规行为，不仅可能面临行政处罚和刑事处罚，还需承担民事赔偿责任。因此，我建议施工单位：
- 加强法律法规学习：定期组织员工学习相关法律法规，提高法律意识。
- 完善内部管理制度：建立健全内部管理制度，明确各岗位的职责和权限，确保施工活动的合规性。
- 加强安全管理和质量控制：投入足够的人力、物力和财力，加强安全管理和质量控制，防止事故发生。
- 积极配合调查和处理：若发生违规行为或事故，应积极配合相关部门的调查和处理工作，采取补救措施，减轻法律后果。
如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。