针对您提出的“政府违章建筑处罚施工单位怎么处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，违章建筑指的是在城市规划区内未取得建设工程规划许可证、违反建筑工程规划许可证规定建设的，或通过欺骗手段骗取批准而占地新建、扩建和改建的建筑物。对于这类建筑，政府相关部门会依据《中华人民共和国城乡规划法》、《中华人民共和国土地管理法》等相关法律法规进行处罚。
当施工单位涉及违章建筑时，政府对其的处罚流程通常包括以下几个步骤：
一、立案与调查取证
- 发现违法线索：政府相关部门（如城乡规划主管部门、自然资源主管部门等）会通过多种途径（如群众举报、日常巡查等）发现施工单位的潜在违法行为。
- 初步核查：对线索进行初步审查，确认违法事实存在且属于管辖范围。
- 立案决定：经核查认为需要处罚的，填写立案审批表并报行政机关负责人批准，正式立案。
- 调查取证：指派两名以上具备执法资格的执法人员，出示执法证件表明身份，全面收集证据，包括询问当事人、现场检查、查阅资料、鉴定检验等。
二、案件审查与告知
- 案件审查：提交调查结果及证据材料给法制工作机构或案件审查机构，审查内容包括违法事实的清晰度和证据的充分性、调查程序的合法性、适用法律法规的准确性、处罚建议的适当性。
- 权利告知：通过《行政处罚事先告知书》告知施工单位拟作出的处罚内容、事实、理由、依据及其陈述、申辩、要求听证的权利。
三、作出处罚决定
根据案件审查结果和施工单位意见，行政机关负责人会作出以下决定之一：
- 确有违法行为的：根据违章建筑的性质、影响及所在区域的规划要求，给予相应的处罚，如责令停止建设、限期改正、罚款、拆除、没收实物或违法收入等。
- 若违章建筑尚可采取改正措施消除对规划实施的影响，则责令停止建设，限期改正，并处以建设工程造价百分之五至百分之十的罚款。
- 若违章建筑无法采取改正措施消除影响，则责令限期拆除；若不能拆除，则没收实物或违法收入，并可并处建设工程造价百分之十以下的罚款。
- 违法行为轻微或事实不成立的：不予处罚。
- 涉嫌犯罪的：移送司法机关。
四、送达处罚决定与执行
- 送达处罚决定：按照民事诉讼法的相关规定，采用直接送达、留置送达、邮寄送达或公告送达等方式，确保施工单位及时收到《行政处罚决定书》。
- 执行处罚决定：
- 主动履行：施工单位在规定期限内履行处罚决定。
- 强制执行：逾期不履行的，政府相关部门会采取加处罚款、拍卖财物、划拨存款或申请法院强制执行等措施。同时，将处罚信息录入信用信息系统，进行信用惩戒。
五、法律适用与原则
在整个处罚过程中，政府相关部门需严格遵守《建筑法》、《建设工程质量管理条例》等相关法律法规，确保处罚的合法性和合理性。同时，坚持处罚与教育相结合的原则，引导施工单位自觉遵守法律法规，共同推动建筑市场的健康发展。
综上所述，政府对涉及违章建筑的施工单位会进行严格的处罚，旨在维护城乡规划和土地管理的秩序。建议施工单位严格遵守相关法律法规，避免产生违章建筑，以免面临不必要的法律后果和经济损失。