协议中一条违法，并不意味着整个协议整体无效，其效力需视具体情况而定。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、违法条款的效力分析
基本原则：
- 根据《民法典》第一百五十三条，违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。但是，该强制性规定不导致该民事法律行为无效的除外。同时，违背公序良俗的民事法律行为也无效。因此，协议中的违法条款因违反了法律的强制性规定或者违背公序良俗而不具有法律效力。
例外情况：
- 违法条款无效并不必然导致整个合同无效。根据《民法典》第一百五十六条，如果违法条款并非合同的关键部分，且可以与其他合法条款相分离，那么合同的其他部分仍然有效。例如，在一份包含多项条款的合同中，如果仅有一条关于税收的条款违反了税法规定，而该条款并非合同的核心内容，且不影响其他条款的履行，那么该条款无效，但合同的其他部分仍然有效。
二、合同整体效力的判断
核心内容与主要条款的影响：
- 如果违法条款属于协议的核心内容，或者使得整个合同的目的违反法律法规强制性规定、损害国家利益或社会公共利益（如买卖毒品、走私等），亦或是违背公序良俗，则合同整体无效。
- 若违法条款涉及国家安全、泄露国家机密，或属于合同的主要条款（如当事人姓名、住所、标的数量质量等且无法修改），也可能导致整个合同无效。
双方协商与修改：
- 合同双方若能就违法条款的修改达成一致，修改后的合同可完全生效。例如，在发现合同中的某一条款违反了法律规定后，双方可以协商修改该条款，使其符合法律规定，从而保持合同的效力。
三、违法条款的法律后果与处理
无效条款的处理：
- 无效的违法条款对当事人没有法律约束力，无需履行该条款规定的义务。如果因该条款的无效导致了一方当事人的损失，受损方有权要求过错方进行赔偿。
争议解决方式：
- 因违法条款引发的争议，当事人可通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决。法院或仲裁机构会依据法律规定对违法条款进行认定和处理，并据此作出裁决。
四、实际指导意义与建议
- 签订合同时：当事人应仔细审查合同条款的合法性，确保不含有违法内容。对于不确定的条款，可以咨询专业律师或法律机构进行审查，以避免因违法条款导致的合同无效或引发法律纠纷。
- 发现违法条款后：如果已签订的合同中发现存在违法条款，应及时与对方协商修改。如果无法协商一致，可以考虑通过法律途径解决争议，如提起诉讼或申请仲裁等。
举例说明：假设甲乙双方签订了一份买卖合同，其中包含一条关于逃避税收的条款。如果该条款并非合同的核心内容，且不影响其他条款的履行（如买卖标的、价格、交付方式等），那么该条款无效，但合同的其他部分仍然有效。然而，如果该条款是合同的核心内容之一，或者使得整个合同的目的违反了法律法规的强制性规定（如通过虚假交易逃避税收），则整个合同可能被视为无效。
综上所述，协议中一条违法并不必然导致整个协议整体无效。其效力需根据违法条款的性质、合同的整体内容以及双方当事人的协商情况等因素进行综合判断。如果你在签订或履行合同过程中遇到类似问题，可以直接向我咨询，我会为你提供更详细的法律建议。