设施农用地上的厂库房一般不可以直接申请改变土地性质。以下是对此问题的详细分析：

一、土地性质变更的法律规定

根据相关法律法规，土地性质的变更通常需要经过严格的审批程序，并且必须符合土地利用总体规划和城乡规划。设施农用地主要用于农业生产设施的建设，如温室、大棚、畜禽养殖场等，其土地性质属于农用地。若要将设施农用地上的厂库房改变为非农用地性质，如工业用地或商业用地，必须满足一系列法定条件，并经过相关部门的批准。

二、设施农用地厂库房改变土地性质的难点

1. 规划限制：土地利用总体规划和城乡规划对土地用途有明确规定。若设施农用地所在区域未规划为非农用地，则改变土地性质将面临规划上的障碍。
2. 审批程序：改变土地性质需要经过多个部门的审批，包括国土资源部门、规划部门等。这些部门会对申请进行严格审查，确保符合相关法律法规和规划要求。
3. 土地用途管制：我国实行严格的土地用途管制制度，农用地转为非农用地需要符合特定的条件和程序。设施农用地上的厂库房若要改变土地性质，必须证明其符合土地用途管制的例外情形。

三、可能的解决方案与建议

1. 咨询当地国土资源部门：在考虑改变土地性质前，建议先咨询当地国土资源部门，了解相关政策和审批程序。他们可以提供具体的指导和建议，帮助判断是否符合改变土地性质的条件。
2. 申请规划调整：若设施农用地所在区域有规划调整的可能性，可以尝试向相关部门申请规划调整。但需注意，规划调整需要经过严格的程序和审批，且不一定能够成功。
3. 考虑其他合法途径：若改变土地性质不可行，可以考虑通过其他合法途径实现目的，如租赁或购买符合需求的非农用地、对现有设施进行改造升级以符合农业生产需求等。

四、法律后果与风险提示

若未经批准擅自改变土地性质，可能面临法律责任和风险，包括但不限于：

• 行政处罚：国土资源部门可能对违法行为进行行政处罚，如罚款、没收违法所得等。
• 恢复原状：相关部门可能要求恢复土地原状，即拆除违法建设的厂库房并恢复为农用地。
• 刑事责任：在严重情况下，若违法行为构成犯罪，还可能面临刑事责任。

综上所述，设施农用地上的厂库房一般不可以直接申请改变土地性质。在考虑改变土地性质前，建议充分了解相关法律法规和政策要求，并咨询当地国土资源部门或专业律师的意见。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。