在行政诉讼中，被告开庭时才提交证据是否合法，需视具体情况而定。以下是对此问题的详细分析：
一、一般原则
根据《中华人民共和国行政诉讼法》及相关司法解释，被告对作出的行政行为负有举证责任，并应在收到起诉状副本之日起十五日内提交证据。这一规定旨在确保诉讼的公正性、高效性和有序性，防止庭审中出现突然的新证据，保障对方当事人的权益及法庭的审理节奏。因此，在一般情况下，被告应在法定期限内提交证据，开庭时才提交可能面临不被接纳的风险。
二、特殊情况下的当庭提交
新证据的情况：
- 若被告在举证期限届满后发现了新的证据，且该证据对案件事实的认定具有重要影响，可以向法院申请并经法院准许后当庭提交。但这种情况较为特殊，且需要满足严格的条件，如证据的新发现性、对案件的重要性等。
正当理由的情形：
- 因不可抗力、客观上不能控制的其他正当事由导致无法在举证期限内提交证据的，被告可以申请延期提交，并在法庭调查中提供证据。例如，自然灾害导致的交通中断等不可抗力因素。在此情况下，被告应在不可抗力因素消除后及时向法院说明情况并申请当庭提交证据。但即便如此，也需经过法院的准许，否则证据可能不被采纳。
三、法庭的审查与质证
- 无论被告是基于何种原因当庭提交证据，法庭都会对该证据进行严格的审查和质证程序。双方当事人可以对证据的真实性、合法性和关联性进行辩论，以确保证据的有效性和可信度。如果证据未经法庭审查认定有效，将不能作为判决的依据。
四、法律后果
- 若被告无正当理由逾期提供证据，或在当庭才提交证据且未经法院准许，该证据将被视为无效，被告需承担举证不能的不利后果。这可能导致被告在诉讼中处于不利地位，甚至面临败诉的风险。
五、建议与总结
- 被告应尽量在法定期限内提交证据，以避免因证据提交问题而影响自己的合法权益。
- 如确实存在特殊情况需要当庭提交证据，应及时向法院说明情况并申请延期提交，确保诉讼权利得到有效保障。
- 在诉讼过程中，被告应严格遵守相关规定，确保证据的及时、有效提交，并积极配合法庭的审查和质证程序。
综上所述，行政诉讼中被告开庭时才提交证据是否合法，取决于是否有正当事由、是否经法院准许以及证据的真实性、合法性和关联性等多个因素。因此，被告在诉讼过程中应严格遵守相关规定，确保证据的及时、有效提交。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。