结论：您向法院申请确认2006年、2007年的劳动关系，在法律上不受时效限制，但需注意证据收集和诉讼策略。

详细分析：

1. 时效问题：

   • 根据我国相关法律规定，确认劳动关系之诉并不适用诉讼时效的规定。这是因为确认劳动关系是对事实状态的认定，而非对权利的主张或处分，因此不受诉讼时效的限制。所以，您现在向法院申请确认2006年、2007年的劳动关系，在法律上是不受时效限制的。

2. 证据收集：

   • 虽然确认劳动关系之诉不受时效限制，但您仍需提供充分的证据来证明您与单位之间在2006年、2007年存在劳动关系。这些证据可以包括但不限于：工资单、工作证、考勤记录、同事证言、劳动合同（如果存在的话）、社保缴纳记录等。证据越充分，您胜诉的可能性就越大。

3. 诉讼策略：

   • 在提起诉讼前，建议您先与单位进行协商，看是否能够通过协商解决争议。如果协商无果，再考虑向法院提起诉讼。
   • 在诉讼过程中，要注意保护自己的合法权益，不要因为单位方的压力或诱惑而放弃自己的权利。
   • 如果可能的话，可以聘请一位专业的律师来代理您的诉讼，律师的专业知识和经验将有助于您更好地维护自己的权益。

4. 可能面临的挑战：

   • 由于时间已经过去较久，一些关键证据可能已经丢失或难以获取，这可能会给您的诉讼带来一定的困难。
   • 单位方可能会提出各种抗辩理由来否认您与单位之间存在劳动关系，如主张您是临时工、非全日制员工等。因此，您需要做好充分的准备来应对这些抗辩。

建议：

• 尽快收集并整理相关证据，确保证据的完整性和真实性。
• 在提起诉讼前，可以先咨询一位专业的律师，了解诉讼的风险和可能的策略。
• 如果决定提起诉讼，要积极配合律师的工作，提供必要的协助和支持。

如果您在确认劳动关系的过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据您的具体情况，为您提供专业的法律意见和帮助。