关于与国企合作约定由乙方经营是否合法的问题，这并非一个简单的“合法”或“不合法”的判断，而是需要依据具体的合作内容、合同条款以及相关法律法规来综合分析。以下是我从不同角度为你提供的详细分析：

1. 合作内容的合法性：

   • 首先，要考察合作的具体内容是否违反国家法律法规的强制性规定。例如，如果合作涉及非法经营、走私、贩毒等违法犯罪活动，那么无论合作方是国企还是私企，这样的合作都是不合法的。
   • 如果合作内容本身是合法的，比如共同开发某个项目、提供某种服务等，那么接下来需要看合同条款的约定。

2. 合同条款的合法性：

   • 合同是双方意思表示一致的产物，其条款必须合法、有效。在约定由乙方经营的情况下，需要明确乙方的经营范围、经营方式、经营期限等关键条款。
   • 同时，要确保合同条款不违反国企的相关规定和内部管理制度。国企通常有其特定的经营规范和审批流程，如果合作条款与这些规定相冲突，可能会导致合同无效或无法履行。
   • 此外，还要关注合同中关于利润分配、风险承担、违约责任等条款的约定，确保这些条款公平、合理，不损害任何一方的合法权益。

3. 相关法律法规的遵循：

   • 在与国企合作时，必须严格遵守国家关于国有企业改革、混合所有制经济、反垄断等方面的法律法规。例如，如果合作涉及国有资产的转让或增资扩股，需要按照相关规定进行资产评估、审批和公示等程序。
   • 同时，要关注合作是否涉及行业准入、资质要求等特殊规定。某些行业可能对合作方的资质、经验、技术等方面有特定要求，如果乙方不具备这些条件，可能会导致合作无法顺利进行。

4. 实际操作的可行性：

   • 除了法律层面的分析外，还需要考虑实际操作的可行性。例如，乙方是否具备经营所需的人力、物力、财力等资源？是否能够有效管理合作项目并实现预期目标？
   • 国企作为合作方，其决策流程、管理机制等可能与私企存在差异。因此，在合作过程中需要充分考虑这些因素，确保双方能够顺畅沟通、有效协作。

建议：

• 在与国企合作前，务必进行充分的尽职调查，了解国企的背景、信誉、经营状况等信息。
• 签订合作合同时，务必请专业律师对合同条款进行审查，确保合同合法、有效且符合双方利益。
• 在合作过程中，保持与国企的良好沟通，及时解决合作中出现的问题和纠纷。

如果你在与国企合作过程中遇到任何法律问题或困惑，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况提供专业的法律意见和解决方案。