国企和民企签订三方协议是合法的。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
一、法律层面
合同自由原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体从事民事活动，应当遵循自愿原则，按照自己的意思设立、变更、终止民事法律关系。这意味着，只要合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，合同双方（或多方）就有权自由约定合同条款，包括签订三方协议。
三方协议的性质：
- 三方协议通常涉及三个主体之间的权利义务关系。在国企和民企签订三方协议的场景中，只要协议内容合法、合规，且各方均自愿参与，该协议即具有法律效力。
二、实践层面
国企与民企的合作：
- 在实际经济活动中，国企与民企之间的合作是常见的。这种合作可能涉及项目合作、技术转让、供应链管理等多个领域。签订三方协议可以明确各方的权利义务，降低合作风险，促进合作的顺利进行。
协议内容的合法性：
- 无论是国企还是民企，在签订三方协议时，都应确保协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定。例如，协议中不得包含非法垄断、欺诈、损害国家利益或社会公共利益等条款。
三、注意事项
尽职调查：
- 在签订三方协议前，各方应进行充分的尽职调查，了解对方的资信状况、经营能力、法律合规情况等，以确保合作的安全性和可靠性。
协议条款的明确性：
- 三方协议应明确各方的权利义务、违约责任、争议解决方式等关键条款，以避免在合作过程中出现纠纷。
法律合规性审查：
- 在签订协议前，建议各方咨询专业律师，对协议内容进行法律合规性审查，以确保协议的合法性和有效性。
建议：在签订三方协议时，国企和民企应确保协议内容合法、合规，并明确各方的权利义务。如有任何疑问或需要进一步的法律指导，可以直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律意见。