关于“政府签订协议指定国企是否合法”的问题，需要从多个角度进行分析，以下是我的详细解答：
从协议性质与目的角度分析：
- 如果政府签订协议指定国企是为了实现公共利益、促进经济发展或进行必要的行政管理，且该协议符合法律法规的规定，不违反公平竞争原则，那么这种指定行为在法律上可能是被允许的。例如，在基础设施建设、公共服务提供等领域，政府可能会基于效率、质量或安全等因素考虑，选择与特定国企合作。
- 然而，如果政府签订协议指定国企是为了排除其他市场主体的竞争，或者该协议存在不公平、不合理的条款，损害了其他市场主体的合法权益，那么这种指定行为可能构成行政违法或滥用职权。
从法律法规依据角度分析：
- 政府签订协议指定国企的行为必须受到法律法规的约束。如果相关法律法规明确规定了政府在特定情况下可以指定国企进行合作，且该指定行为符合法律法规的程序和要求，那么这种指定行为就是合法的。
- 反之，如果法律法规没有规定政府可以指定国企进行合作，或者该指定行为违反了法律法规的程序和要求，那么这种指定行为就是违法的。例如，根据《中华人民共和国反垄断法》的相关规定，行政机关不得滥用行政权力，限定或者变相限定单位或者个人经营、购买、使用其指定的经营者提供的商品。
从实践案例角度分析：
- 在实践中，政府签订协议指定国企的行为是否合法，往往需要根据具体案例进行判断。有些案例中，政府指定国企进行合作是为了实现特定的公共利益目标，且该指定行为符合法律法规的规定，因此被认定为合法。
- 而在另一些案例中，政府指定国企进行合作的行为被认定为违法，主要是因为该指定行为违反了法律法规的程序和要求，或者损害了其他市场主体的合法权益。
综上所述，政府签订协议指定国企是否合法，需要根据协议的性质与目的、法律法规的依据以及实践案例等多个角度进行综合判断。如果您认为政府签订协议指定国企的行为存在违法或不合理之处，建议您及时收集相关证据，并向有关部门进行投诉或举报。同时，如果您在法律方面有任何疑问或需要进一步的帮助，也可以直接向我咨询。