结论：在物业管理采用酬金制的情况下，物业公司能否另行与商户签订物业收费合同，需视具体情况而定，但通常不建议或不允许物业公司未经业主大会或相关授权机构同意，擅自与商户签订物业收费合同。
分析说明：
酬金制物业管理的特点：
- 酬金制是指在预收的物业服务资金中按约定比例或者约定数额提取酬金支付给物业管理企业，其余全部用于物业服务合同约定的支出，结余或者不足均由业主享有或者承担的物业服务计费方式。
- 在酬金制下，物业公司的角色更多是服务提供者和管理者，而非物业费用的直接受益者（除了约定的酬金部分）。物业费用的收取、使用和管理通常需要遵循业主大会或业主委员会的决策和监督。
物业收费合同的签订权限：
- 物业收费合同是物业公司向业主或商户提供物业服务并收取费用的依据。在酬金制下，物业收费的标准、方式等通常应在物业服务合同中明确约定，且这些约定往往需要经过业主大会的审议和批准。
- 物业公司作为服务提供者，通常不具备擅自改变物业收费标准或方式的权力，除非得到业主大会或相关授权机构的明确同意。
另行签订物业收费合同的风险：
- 如果物业公司未经业主大会或相关授权机构同意，擅自与商户签订物业收费合同，可能构成违约行为，损害业主的合法权益。
- 商户也可能因不了解物业管理的实际情况和费用构成，而陷入不必要的纠纷和损失中。
合法合规的做法：
- 物业公司应严格遵守物业服务合同的约定，按照业主大会或业主委员会的决策和监督来收取和使用物业费用。
- 如果需要调整物业收费标准或方式，物业公司应提前与业主大会或相关授权机构进行沟通协商，并取得其明确同意后再行实施。
法律建议：
- 对于物业公司而言，应严格遵守相关法律法规和物业服务合同的约定，不得擅自改变物业收费标准或方式。如果需要调整，应提前与业主大会或相关授权机构进行沟通协商，并取得其明确同意。
- 对于商户而言，在签订物业收费合同时，应仔细阅读合同条款，了解物业费用的构成和支付方式，确保自己的合法权益不受损害。如果发现物业公司存在违规行为，应及时向业主大会或相关监管部门反映情况。
后续行动：
- 如果您是商户或业主，发现物业公司存在擅自签订物业收费合同等违规行为，建议及时收集相关证据，并向业主大会或相关监管部门反映情况，以维护自己的合法权益。
- 如果您是物业公司，在面临物业收费调整等需求时，建议提前与业主大会或相关授权机构进行沟通协商，确保调整行为的合法性和合规性。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。