若绩效工资被扣后申诉但未得到回复，可能会面临以下几种情况及应对建议：
申诉流程停滞，问题未得到解决
若公司内部申诉渠道未明确规定回复时限，或虽有时限但未遵守，可能导致您的申诉被搁置，绩效工资扣减问题长期未处理。此时，您可主动联系人力资源部门或直接上级，要求明确申诉处理进度，并书面确认回复时限（如邮件、微信记录），以保留证据。若公司仍不回应，可进一步通过法律途径主张权利。
公司可能以“未回复即默认同意”为由抗辩
部分公司可能试图以“未在规定时间内回复视为认可扣减”的条款规避责任，但此类条款需满足两个条件才有效：
- 条款已明确告知您（如劳动合同、员工手册中载明）；
- 扣减依据合法（如您确实存在未达绩效标准、严重失职等情形）。
若公司无法证明上述两点，您仍有权要求补发工资。
劳动仲裁或诉讼风险增加
若申诉无果，您可能需通过劳动仲裁或诉讼解决。此时，未回复的申诉记录可能成为关键证据：
- 若您能证明已按公司流程提出申诉（如提交书面材料、邮件记录），但公司未处理，可主张公司违反法定程序；
- 若公司完全未建立申诉渠道，或申诉渠道形同虚设，您可直接以“未及时足额支付劳动报酬”为由，依据《劳动合同法》第38条解除劳动合同，并要求经济补偿。
行动建议：
- 书面固定证据：立即通过邮件、微信等方式向公司发送书面申诉材料，明确要求回复时限（如“请于3个工作日内书面回复处理结果”），并保留发送记录；
- 查询公司制度：检查劳动合同、员工手册中是否约定申诉流程及回复时限，若公司未遵守，可据此主张程序违法；
- 咨询劳动监察部门：若公司拒不处理，可向当地劳动监察大队投诉（通常15日内处理），或直接申请劳动仲裁（时效1年）；
- 准备绩效证据：收集能证明您已完成绩效目标的材料（如考核表、工作成果、客户评价等），以反驳公司扣减工资的合理性。
法律依据：
- 《工资支付暂行规定》第16条：因劳动者原因给用人单位造成损失的，用人单位可按劳动合同约定要求赔偿，但每月扣除部分不得超过当月工资的20%，且扣除后不得低于当地最低工资标准；
- 《劳动合同法》第30条：用人单位拖欠或未足额支付劳动报酬的，劳动者可依法向法院申请支付令；
- 《劳动争议调解仲裁法》第6条：发生劳动争议，当事人对自己提出的主张有责任提供证据，与争议事项有关的证据属于用人单位掌握管理的，用人单位应当提供。
若您需要进一步分析公司扣减工资的合法性，或协助准备申诉材料、劳动仲裁申请书，可随时向我提供具体细节，我会为您制定详细方案。