若双方已签订书面合作协议，可依据协议约定追究违约方责任；若未签订书面协议，可通过协商、补充协议或诉讼途径解决出资问题。具体分析如下：

1. 若双方已签订书面合作协议
   书面协议是明确双方权利义务的核心依据。若协议中明确约定了出资时间、金额、违约责任（如违约金、赔偿损失等），守约方可依据《民法典》第五百七十七条，要求违约方继续履行出资义务，或承担违约责任（如支付违约金、赔偿因未出资导致的实际损失）。
   操作建议：

   • 书面催告违约方限期出资，并保留催告证据（如邮件、短信、律师函等）；
     
   • 若违约方仍拒绝出资，可依据协议约定解除合作协议，并要求其赔偿损失（如已投入的前期费用、预期收益损失等）；
     
   • 若协议未约定违约责任，可主张实际损失（需举证损失金额，如项目停滞导致的额外成本等）。

2. 若双方未签订书面合作协议，但存在口头约定或实际履行行为
   根据《民法典》第四百六十九条，口头协议在双方实际履行时仍具有法律效力，但举证难度较高。此时需通过其他证据（如聊天记录、转账记录、共同参与项目筹备的证据等）证明双方存在合作合意及出资约定。
   操作建议：

   • 优先与对方协商，通过补充书面协议明确出资义务及违约责任；
     
   • 若协商无果，可收集证据向法院起诉，要求对方履行出资义务或赔偿损失。但需注意，口头协议的举证责任在主张方，证据需充分形成完整链条（如证明对方曾承诺出资、项目因对方未出资受损等）。

3. 若项目已启动，违约方未出资导致项目停滞
   此时需评估项目是否具备继续推进的价值。若项目仍有可行性，可考虑引入第三方投资者替代违约方出资，或调整合作结构（如减少违约方股权比例）；若项目已无继续必要，可依据《民法典》第五百六十三条解除合作协议，并要求违约方赔偿损失（包括直接损失和间接损失，如已投入的资金、预期收益等）。
   操作建议：

   • 立即固定项目现状证据（如财务记录、合同、沟通记录等），避免损失扩大；
     
   • 委托专业机构对项目损失进行评估，为诉讼或协商提供依据；
     
   • 若涉及公司注册，需注意未出资股东可能需承担补足出资、对公司债务连带责任等法律风险（《公司法》第二十八条、第九十三条）。

总结：处理此类纠纷的核心是“固定证据+明确诉求”。建议优先通过协商或补充协议解决，若无法达成一致，需及时委托律师介入，通过法律途径维护权益。具体操作需结合协议内容、证据情况及项目实际损失综合判断，如有进一步细节可随时向我咨询。