结论：商铺的货架式阁楼是否属于违建，需结合具体情况判断，主要依据《中华人民共和国城乡规划法》及地方性法规、规章。以下从不同角度进行分析：
一、法律定义与判断标准
违建的法律定义：
- 根据《中华人民共和国城乡规划法》第六十四条，违建通常指未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的建筑物、构筑物或其他设施。
判断标准：
- 规划许可：货架式阁楼的建设是否取得了相关的规划许可，是判断其是否违建的关键。若未经规划部门批准擅自建设，则可能构成违建。
- 结构与用途：货架式阁楼若作为商铺的固定结构部分，且改变了商铺原有的建筑结构或用途，更可能被视为违建。若仅为临时性、可移动的货架，且未对商铺结构造成实质性改变，则可能不被视为违建。
二、具体情形分析
未经规划许可擅自建设：
- 若货架式阁楼的建设未经过规划部门的审批，未取得建设工程规划许可证，则根据《中华人民共和国城乡规划法》的规定，该阁楼属于违建。
超出规划许可范围建设：
- 即使取得了建设工程规划许可证，但货架式阁楼的建设超出了许可证规定的范围（如高度、面积等），则超出部分同样属于违建。
临时性结构与固定性结构的区别：
- 若货架式阁楼为临时性、可移动的结构，且未对商铺的固定结构造成改变，可能不被视为违建。但需注意，即使为临时性结构，若未经过相关部门批准，也可能面临被拆除的风险。
- 若货架式阁楼为固定性结构，与商铺主体紧密相连，且改变了商铺原有的建筑结构或用途，则更可能被视为违建。
三、法律后果与应对措施
法律后果：
- 若货架式阁楼被认定为违建，可能面临被责令限期拆除、罚款等行政处罚。在极端情况下，若违建行为严重，还可能涉及刑事责任。
应对措施：
- 合规建设：在建设货架式阁楼前，应咨询当地规划部门，了解相关法规和政策，确保建设行为符合规划要求。
- 申请许可：若需建设固定性结构的货架式阁楼，应依法申请建设工程规划许可证，并按照许可证的规定进行建设。
- 及时整改：若已建设的货架式阁楼被认定为违建，应积极配合相关部门的整改要求，及时拆除或整改至符合规划要求。
四、地方性法规与规章的考虑
- 除了《中华人民共和国城乡规划法》外，各地还可能出台了关于违建的具体认定标准和处罚措施的地方性法规或规章。因此，在判断货架式阁楼是否违建时，还需结合当地的具体法规进行综合分析。
建议：若您对商铺的货架式阁楼是否属于违建存在疑问，建议直接咨询当地规划部门或城管部门，以获取最准确的信息和指导。同时，若您需要进一步的法律帮助或咨询，可以直接向我提问，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见。