关于商铺违章建筑的认定标准及法律依据，这是一个涉及多个法律层面和因素的综合性问题。以下我将从法律依据、认定标准、认定程序与处理三个方面，为您详细解答。

一、法律依据

在我国，违章建筑的认定主要依据城乡规划、土地管理以及其他相关法律法规。具体包括：

1. 《中华人民共和国城乡规划法》：该法明确规定，在城市、镇规划区内进行建设，需申请建设工程规划许可证。未取得或未按许可证规定建设的，均属于违章建筑。同时，该法还规定了违章建筑的处理措施，如责令停止建设、限期改正、罚款、限期拆除等。

2. 《中华人民共和国土地管理法》：该法实行土地用途管制制度，严格限制农用地转为建设用地。未经依法批准擅自将农用地改为建设用地进行建设的，所建建筑通常会被认定为违章建筑。此外，该法还规定了非法占用土地的处理措施，如责令退还土地、限期拆除建筑物等。

3. 《村庄和集镇规划建设管理条例》：该条例适用于村庄和集镇的规划、建设和管理，规定了建设需经批准的程序。未经批准擅自建设的，可能被认定为违章建筑。

4. 其他相关法律法规：如《中华人民共和国公路法》、《中华人民共和国铁路法》、《中华人民共和国消防法》等，也对特定区域内的建筑行为进行了规范，违反者所建建筑可能被认定为违章建筑。

二、认定标准

违章建筑的认定主要基于以下几个标准：

1. 未取得许可证施工：包括未申请或申请未获得批准，未取得建设用地规划许可证和建设工程规划许可证而建成的建筑，以及擅自改变建设工程规划许可证的规定建成的建筑。

2. 擅自改变用途：如擅自改变了使用性质建成的建筑，或将临时建筑设成为永久性建筑。

3. 非法占用土地：未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地进行建设的，如农村村民未经批准建住宅。

4. 违反规划管理：违反规划管理方面的法律法规而建成的建筑物、构筑物等工程设施，如未经批准进行临时建设或超过批准期限不拆除的临时建筑。

三、认定程序与处理

在违章建筑的认定过程中，一般由县级以上地方人民政府城乡规划部门或相关主管部门负责进行专业性的评估与裁量，并依据相关法律法规出具认定结果。认定过程需考虑是否依法申办了建筑用地规划许可、建设工程许可手续，以及是否违反城乡整体规划等因素。

如果当事人对认定结果有异议，有权进行申诉和辩解，以维护自己的合法权益。同时，对于被认定为违章建筑的处理措施，也应严格按照法律法规执行，如责令停止建设、限期改正、罚款、限期拆除等，确保执法的公正性和合法性。

综上所述，商铺违章建筑的认定是一个复杂且严谨的过程，需要综合考虑法律法规、建设手续、土地使用情况、建筑用途与性质等多个方面。如果您对商铺是否构成违章建筑有疑问，建议及时咨询专业律师或相关部门，以明确法律责任并采取相应措施。